طریقه نقشبندیه اگرچه قبل از زمان محمد بهاء الدین نقشبند وجود داشته است، ولی به سبب نفوذ معنوی و اجتماعی وی، این طریقه به او منتسب شده است. التزام به شریعت، پیروی از مکتب ابن عربی، وجوب ارتباط با حکام و شرکت در مسائل سیاسی و اجتماعی، از مهم ترین ویژگی های این طریقه می باشد. پیروان این طریقه به اصولی پایبند هستند که پرهیز از غفلت حتی در امور غیراختیاری، سفر در وطن یا انتقال از صفات بشری به صفات روحانی، خلوت در انجمن، ذکر لسانی و قلبی، بازگشت یا گفتن عبارتی مخصوص در دل بعد از هر ذکر، نگاه داشت قلب از خواطر، دوام آگاهی بر حق بر سبیل ذوق و شهود، وقوف زمانی، عددی و قلبی، از آن جمله است. نقشبندیه ابتدا در بخارا و سپس در ماوراء النهر و خراسان با حمایت تیموریان تا قرن دهم در نقطه اوج نفوذ خود قرار داشتند. افرادی چون خواجه عبیدالله احرار، عبدالرحمان جامی، یعقوب چرخی، سعد الدین کاشغری، عبدالغفور لاری، ملاحسین واعظی کاشفی، علی واعظ کاشفی و خواجه محمد باقی بالله، از مشایخ این فرقه در اوج شکوفایی آن بودند. هر چند این افراد در آغاز، زندگی زاهدانه ای داشتند، ولی به تدریج، و خصوصاً در زمان خواجه احرار و جامی به ثروت فراوانی دست یافتند. با سقوط تیموریان، طریقه نقشبندیه هم افول کرد، و افرادی از خاندان مجددی مانند شاه عزت الله، شاه غلام محمد، شاه صفی الله، محمد فضل الله، فضل محمد، فضل عمر و میراحمد، سعی در احیای مجدد آن داشتند. هرچند از نقش افراد غیرمجددی مانند میر غیاث الدین غیاثی، سعدالدین انصاری، محمدگل کوهاتی، فقیرالله جلال آبادی، حبیب الله قندهاری، میرواعظ کابلی، میرمعصوم، میرحاجی، الفت کابلی، صوفی صاحب، عنایت بدخشی و رکین، نمی توان چشم پوشی کرد. البته غیرمجددی ها بر خلاف مجددی ها خیلی کم در مسائل سیاسی شرکت می کردند، و بیشتر نقش علمی و فرهنگی داشتند. افت علمی، موروثی شدن شیخیت و وابستگی به دربار از ویژگی های نقشبندیه در دوران احیای می باشد.