بررسی برخی از روش های تهذیب نفس از دیدگاه امام خمینی(ره) هدف اصلی این تحقیق است ولی از منابع دیگر مانند قرآن و روایات نیز در تبیین کامل مباحث استفاده می شود. اولین روش مطرح در این زمینه تفکر است؛ تفکر در عظمت خلقت، نعمت های الهی و وظیفه انسان در قبال خدا جایگاه والایی در تعالیم اسلامی داشته و آیات و روایات متعددی بر آثار تربیتی آن تصریح نموده است. این مسأله در دیدگاه امام خمینی(ره) هم مورد توجه بسیاری قرار گرفته و شرط اول برای مجاهده با نفس و حرکت به جانب حق تعالی دانسته شده است. خود ایشان نیز از تفکر در مسائل اخلاقی، سیاسی و اجتماعی بسیار بهره برده است. موعظه، که موجب آثاری چون تحول فرد و جامعه می گردد روش مهم دیگری است که روایات و آیات متعددی بر تأثیر تربیتی آن صحه گذارده، و از منظر امام خمینی(ره) هم آثاری مانند زدودن غفلت و تحول روحی فرد و جامعه به همراه دارد؛ خصوصاً در ایام محرم، صفر و رمضان، که زمینه تفکر و تدبر در مسائل سیاسی و تهذیب نفس برای مومنین را فراهم می کند. روش مشارطه، مراقبه و محاسبه هم نقش مهمی در تهذیب نفس داشته و متون دینی بر اهمیت و آثار مثبت آن در تربیت انسان گواهی می دهند. این شیوه که در سیره فردی امام(ره) نیز مشاهده می شود از منظر ایشان دارای آثاری چون شکوفایی فطرت می باشد. همچنین دعا و نیایش با خداوند از روش های مورد تأکید آیات و روایات بوده و آثار فراوانی همچون دفع قضای حتمی و شفای دردها برای آن بیان شده است. از طرف دیگر، روان شناسان نیز بر تأثیرات مهم آن تأکید نموده اند. نقش دعا از منظر حضرت امام در تهذیب نفس بسیار مورد توجه بوده و می توان گفت یکی از رموز موفقیت امام در مراحل مختلف زندگی، مانند مبارزه با استکبار، بهره گیری از دعا و انس دایم با آن بوده است.