انتشار گازهای آلاینده و گلخانه ای در جریان فعالیت های تولیدی بخش های مختلف اقتصادی به عنوان یکی از بحران های زیست محیطی در عصر حاضر به شمار می آید. این مسئله در کشورهای در حال توسعه دارای اهمیت بیشتر است؛ در اکثر این کشورها برای انرژی های تجارتی یارانه های قابل ملاحظه ای پرداخت می شود. بررسی مصرف انرژی در بخش کشاورزی ایران نشان می دهد که همواره با افزایش تولید و ارزش افزوده ، مصرف انواع حامل های انرژی در این بخش افزایش یافته-است. ازاین رو، در این مطالعه به بررسی تأثیرات آزادسازی قیمت انرژی بر هزینه های نهایی کنترل گازهای گلخانه ای و آلاینده ی بخش کشاورزی ایران پرداخته شد. در ابتدا با استفاده از سیستم معادلات به ظاهر نامرتبط تابع تقاضای انرژی در بخش کشاورزی ایران برآورد شد و تغییرات ممکن در مصرف عوامل تولید و عملکرد در این بخش در واکنش به افزایش قیمت انرژی محاسبه گردید. سپس، با استفاده از تابع مسافت نهاده هزینه ی نهایی کنترل گازهای گلخانه ای و آلاینده ی مورد نظر در بخش کشاورزی استان های کشور در بازه ی زمانی 1390-1370 برآورد شد و تغییرات آن ها هم زمان با افزایش قیمت انرژی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که با افزایش قیمت انرژی در کشور، هزینه ی نهایی کنترل آلاینده های مذکور افزایش می یابد که به مثابه افزایش منافع زیست محیطی جامعه است. در پایان، توصیه های سیاستی به منظور افزایش منافع زیست محیطی جامعه و نیز منافع بخش کشاورزی هم زمان با افزایش قیمت انرژی در کشور ارائه گردید و مورد بحث قرار گرفت.