اگر چه توسعه بخش تعاون علاوه بر قانون اساسی در قوانین برنامه پنج ساله و بودجه کشور مورد توجه ویژه قرار گرفته است، ولی به نظر می رسد که برآیند اقدامات انجام شده و سیاست های متخذه تاکنون منجر به حصول اهداف معین، نشده است. در این مطالعه روش تحلیل پوششی داده ها تصادفی به منظور برآورد کارایی فنی تعاونی های کشاورزی در شهرستان های کاشمر، خلیل آباد و بردسکن انتخاب شد و به منظور بررسی عوامل موثر بر کارایی تعاونی ها از مدل رگرسیونی استفاده شد. در نهایت با استفاده از معیار آنتروپی برای اولویت بندی مشکلات تعاونی های کشاورزی به منظور انتخاب بهترین مدل برای تولید و بازاریابی بهتر، مورداستفاده قرار گرفت. براساس نتایج بدست آمده کارایی تصادفی تعاونی های کشاورزی مناطق مورد مطالعه در سطح پایین (79 درصد) می باشد و سطح تحصیلات مدیر عامل، برگزاری کلاس های آموزشی و بازدید از مراکز علمی و میزان سرمایه گذاری بر کارایی تعاونی ها تاثیر معنی دار بر کارایی و عامل مسافت تعاونی تا مرکز شهر اثر معکوس بر کارایی تعاونی های کشاورزی مورد مطالعه داشته است. همچنین نتایج نشان داد که سیاست های نامناسب در قیمت گذاری و نوسانات قیمتی محصولات، نبود برنامه ریزی جامع بلند مدت از سوی مدیران و برقراری امنیت اقتصادی جهت سرمایه گذاری به ترتیب به عنوان اولویت های اول، دوم و سوم در نا کارآمدی نظام بازاریابی از موانع های با درجه اهمیت بالای برخوردار بودند. به طور کلی، نتایج حاصل از این تحقیق، سیاست گذاران و سهامداران تعاونی ها را قادر می سازد تا بهترین مسیر را جهت برنامه ریزی انتخاب کرده و در نهایت سبب توسعه عملکرد تعاونی های کشاورزی و بهبود اقتصاد منطقه شود.