پیشرفت محیطهای کسب و کار و توسعه ی آنها و به تبع از آن تمرکز زدایی سازمانها، هم زمان با پیشرفت روز افزون تکنولوژی و هم چنین گرایش به سمت کاهش کاغذ بازی باعث شده است که تفکرات سازمانی سمت و سویی دیگر پیدا کرده و نگاه ها به سمت اتوماسیون سازی محیط کسب و کار و استفاده از سیستم های گردش کار دوخته شود. سیستم گردش کار سیستمی است که در آن زنجیره ای از کارها برای گروهی از افراد و یا سیستمهای مختلف تعیین می گردد.نرم افزارهای اتوماسیون اداری با نگرش بر مفهوم مدیریت گردش کار و مدیریت کسب و کار، به گونه ای طراحی گردیده اند تا کلیه کارهای مکاتبات و امور اداری درجریان یک سازمان را که منجر به تولید و گردش اطلاعات ومستندات در سطح سازمان و حتی در سطحی فراتر از یک سازمان خواهد شد را مدیریت نمایند. نکته ی قابل توجه انتخاب سیستم گردش کاری قابل قبول و متناسب با اهداف سازمان است. در این پایان نامه سعی شده است در ابتدا معیارها و مولفه های اساسی در سیستمهای گردش کار چه به طور کلی و چه متناسب با نیازهای دانشگاهی تعیین و پس از آن تعدادی سیستم گردش کار متن باز با توجه به این معیارها مورد سنجش قرار گیرند. نهایتاً پس از رتبه بندی معیارهای ارزیابی به تصمیم گیری و ارائه ی بهترین پیشنهاد از میان نرم افزارهای مورد بررسی به منظور استفاده در دانشگاه ها با روش تصمیم گیری تحلیل سلسله مراتبی پرداخته شده است. معیارهای ارزیابی در 5 سطح ارائه شده اند که سطح یک شامل 4 معیار فاکتورهای کیفی، فاکتورهای کمی-کارایی ها، فاکتورهای کمی - استانداردها و فاکتورهای مالی می باشد و از این میان فاکتورهای فنی- استاندارها بالاترین رتبه را به خود اختصاص داده است.از میان 5 سیستم مورد مقایسه (bonita، joget، processmaker، runawfe و uengine)که به دلیل پشتیبانی از استانداردهای اولیه، فعال بودن سایت در دو سال اخیر و تعداد قابل قبول دانلود تا زمان شروع این مطالعه انتخاب شدند، نرم افزار bonitaتوانست بالاترین رتبه را برای استفاده در دانشگاه ها به خود اختصاص دهد.