با توجه به اهمیت پژوهش های مرتبط با تنش های غیرزیستی، پژوهش حاضر در راستای بررسی تنوع هاپلوتایپی ناحیه qtl تحمل به خشکی روی کروموزوم 9 برنج، انجام گرفت. این بررسی با استفاده از 15 نشانگر ریزماهواره پیوسته به qtl بزرگ اثر مذکور و 20 ژنوتیپ ایرانی و وارداتی و دو ژنوتیپ مرجع bala (متحمل)، azucena (نسبتاً حساس) برنج صورت گرفت. به طور کلی هشت صفت در تنش خشکی و نرمال از قبیل طول ساقه، طول ریشه، وزن ریشه، وزن ساقه، تعداد ریشه، ضخامت ریشه، کد ژنوتیپی و زیست توده و پنج شاخص تحمل ارزیابی شد. بر اساس داده های فنوتیپی، براساس نتایج حاصل از تجزیه واریانس به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملأ تصادفی اثر ژنوتیپ، شرایط کشت و اثر متقابل ژنوتیپ × شرایط کشت برای کلیه صفات اندازه گیری شده در سطح 1% معنی دار بود. نتایج مقایسه میانگین ارقام در دو شرایط نیز نشاد داد در مجموع ژنوتیپ های bala و دیلمانی ژنوتیپ های مقاوم و azucena، موسی طارم و دم-زرد ژنوتیپ های حساس به خشکی شناسایی شدند. بر اساس نتایج حاصل از همبستگی های ساده و تجزیه رگرسیونی دو صفت طول ساقه و ضخامت ریشه بیش ترین تأثیر روی کد ژنوتیپی داشتند و بر اساس تجزیه علیت مشخص شد که طول ساقه تأثیر بشتری روی کد ژنوتیپی داشت و ژنوتیپ ها بر اساس نتایج تجزیه تابع تشخیص در سه گروه قرار گرفتند و براساس داده های ژنتیکی، ژنوتیپ های برنج به دو گروه طبقه بندی شدند. گروه اول که ژنوتیپ bala را شامل می شد ژنوتیپ هایی بودند که از لحاظ تنوع اللی به bala شباهت بیشتری داشتند. بر اساس نتایج تنوع ژنتیکی، نشانگرهای rm24671 و rm245 واقع در این ناحیه کروموزومی به عنوان موثرترین نشانگرها جهت شناسایی ژنوتیپ های متحمل به خشکی در مرحله گیاهچه شناسایی شدند و اکثر خصوصیات مورفولوژیکی با این نشانگرها ارتباط معنی دار نشان دادند که در برنامه های به نژادی برنج به عنوان نشانگرهای آگاهی بخش و سودمند پیشنهاد می گردند. تعداد 22 ژنوتیپ برنج در قالب 16 هاپلوتایپ مختلف قرار گرفتند و با توجه به هاپلوتایپ های ایجاد شده، هاپلوتایپ شماره 8 که شامل ژنوتیپ های دیلمانی و ir25571 بود، بیشترین شباهت را به والد bala داشته و انتظار می رود این ژنوتیپ ها، همانند والد bala واجد qtlهای کنترل کننده تحمل به خشکی در این ناحیه ژنومی باشند. با توجه به نتایج پژوهش حاضر انتظار می رود بتوان با استفاده از اطلاعات نشانگری واقع در این ناحیه ژنومی در برنامه های به نژادی برنج جهت تولید ارقام متحمل به تنش خشکی بهره گرفت.