برنج از مهم ترین محصولات کشاورزی ایران و جهان است و بیش از نیمی از جمعیت جهان از آن تغذیه می کنند. خشکی یک عامل محدودکننده مهم در تولید این محصول است که اصلاح برای تحمل به خشکی می تواند یک روش موثر برای بهبود و پایداری عملکرد در مناطق خشک و کم آب باشد. به منظور بررسی تنوع هاپلوتایپی qtlهای کنترل کننده تحمل به خشکی در برنج، 22 ژنوتیپ برنج به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار و در محیط کنترل شده تحت شرایط نرمال و خشکی ارزیابی شدند. خصوصیات مورد مطالعه شامل قطر ریشه، وزن ریشه، تعداد ریشه، وزن ساقه، طول ساقه، طول ریشه، کد ژنوتیپی و بیوماس بود. تجزیه واریانس صفات مورد بررسی نشان داد تفاوت بسیار معنی داری (01/0 ) بین ژنوتیپ ها از نظر صفات مورد مطالعه در دو شرایط نرمال رشد و تنش خشکی وجود داشت که بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ های مورد مطالعه بود. رگرسیون مرحله ای برای کد ژنوتیپی بعنوان متغیر وابسته و سایر صفات بعنوان متغیرهای مستقل نشان داد که در شرایط تنش خشکی صفات طول ساقه، طول ریشه، قطر ریشه و وزن ریشه به ترتیب بیشترین تأثیر (69/0= ) را بر صفت کد ژنوتیپی داشتند. این مطالعه به منظور بررسی تنوع هاپلوتایپی 16 جفت نشانگر ریزماهواره ناحیه qtl بزرگ اثر کنترل کننده تحمل به خشکی بر روی کروموزوم شماره 2 برنج و ارزیابی صفات گیاهچه ای برخی ارقام ایرانی و خارجی به همراه دو شاهد متحمل bala و حساس azucena انجام گردید. براساس داده های فنوتیپی، ارقام برنج به دو گروه متحمل و حساس طبقه بندی شدند. در این مطالعه بیشترین تعداد آلل مربوط به نشانگر rm3302 و بیشترین تنوع ژنی و بالاترین pic مربوط به نشانگر rm8030 بود. جهت ارزیابی تنوع هاپلوتایپی رقم متحمل bala بعنوان مرجع، جهت مقایسه الگوی آللی ژنوتیپ ها در این ناحیه استفاده شد. براساس این پژوهش از 15 گروه هاپلوتایپی، 12 گروه مربوط به گروههای ژنوتیپی منفرد بود و هیچ یک از ژنوتیپ ها، مطابقت آللی از لحاظ همه جایگاه های نشانگری bala نداشتند. گروه هاپلوتایپی شماره یک بیشترین شباهت را از نظر الگوی آللی یکسان با رقم bala داشتند که می تواند بیانگر تأثیرگذاری آلل های موجود در qtl کنترل کننده تحمل به خشکی واقع بر روی کروموزوم شماره دو برنج در این ارقام باشد. با توجه به نتایج بدست آمده از این پژوهش می توان از ارقام متحمل به منظور تلاقی و تهیه جمعیت های مناسب برای برنامه های اصلاحی استفاده نمود.