یکی از کاربردهای کنترل بهینه،در حل مسایل بیولوژیکی می باشد. یکی از مسایل مهم بیولوژیکی مبارزه با آفت ها در یک محیط کشت در مزرعه می باشد. روش های متفاوتی برای افت زدایی در کشاورزی وجود دارد. دو روش عمده برای این کار روش بیولوژیکی (استفاده از شکارچیان)وروش شیمیایی(استفاده از سم حشره کش ها)می باشد. دو روش فوق در این پایان نامه در یک دستگاه کنترلی مورد بحث و بررسی قرار داده ایم. هزینه کلی برای مقابله با آفتها شامل هزینه حاصل از آسیب آفت ها و شکارچچیان به محصولات کشاورزی و نیز هزینه قیمت مواد شیمیایی می باشد. کمینه کردن این هزینه منجر به یک مساله کنترل بهینه می شود که با دو دیدگاه فازی و غیر فازی اقدام به حل آن کرده ایم. در دیدگاه فازی از قوانین اگر-آنگاه فازی و در دیدگاه غیر فازی از تابع همیلتن و اصل پونتریاگین استفاده شده است.