در مطالعه حاضر، تنوع ژنتیکی و موفولوژیکی جمعیت های زنبورعسل کوچک استان های جنوبی ایران که به عنوان یکی از دو گونه زنبورعسل ایران شناخته شده است، مورد مطالعه قرار گرفت. در این پژوهش از 29 کلنی مربوط به هفت منطقه شامل اهواز، سیستان و بلوچستان، جیرفت، کازرون، بوشهر، هرمزگان و یاسوج، 300 عدد زنبور کارگر برای مطالعات مورفولوژیکی و70 عدد برای بررسی های ژنتیکی انتخاب گردید. جهت مطالعات مورفولوژیکی از11صفت ظاهری و برای بررسی ژنتیکی از هفت جایگاه نشانگر ریز-ماهواره استفاده گردید. تجزیه و تحلیل آماری داده های حاصل نشان داد که بر اساس روش تجزیه به مولفه-های اصلی و تجزیه خوشه ای و درخت فیلوژنی، زنبورعسل کوچک دارای دو گروه مجزا در نواحی جنوبی کشور است. همچنین بررسی همبستگی صفات مورفولوژیکی در سطح احتمال((p<0.05 همبستگی معنی دار و مثبتی در بین صفات اندازه گیری شده را نشان داد. همچنین از لحاظ ژنتیکی جایگا ه f17-ap دارای بیشترین میانگین تعداد آللی و جایگاهap-f15 دارای کمترین تعداد بود. بیشترین میانگین هتروزیگوسیتی در جایگاهap-f13 مشاهده شد. بیشترین و کمترین میانگین تعداد آلل ها مشاهده شده و موثر، هتروزیگوسیتی مورد انتظار نااریب و شاخص شانون به ترتیب در جمعیت های منطقه سیستان و بلوچستان و یاسوج بود. بیشترین فاصله ژنتیکی و کمترین تشابه ژنتیکی بین جمعیت های جیرفت و هرمزگان و کمترین فاصله ژنتیکی و بیشترین تشابه ژنتیکی بین مناطق اهواز و بوشهر بود. در این بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیتی14درصد و درون جمعیتی86 درصد بدست آمد. بر اساس آزمون منتل بین فواصل ژنتیکی و جغرافیایی و همچنین بین صفات مورفولوژیکی و فواصل جغرافیایی همبستگی معنی دار و مثبتی در سطح احتمال((p<0.05 مشاهده گردید. بنابراین بر اساس یافته های این مطالعه می توان گفت که این نشانگر های ریزماهواره و خصوصیات مورفولوژیکی برررسی شد ابزار توانمندی برای مطالعات تنوع ژنتیکی جمعیت زنبورعسل کوچک ایران می-باشند.