فضایل و امتیازات خاص امام علی(ع) ، منشأ حسادت و کینه توزی برخی از مسلمانان، خصوصاً بنی امیه حتی در زمان حیات پیامبر اسلام(ص) بود. رفتارهای غلط خلفا همچون جلوگیری از بیان احادیث نبوی، بدعت در مسایل سیاسی، اقتصادی و فرهنگی، تبعیض های سیاسی همچون قوم گرایی، احیای معیارهای جاهلی و قرار دادن آن ها به جای ایمان و تقوا، تبعیض های اقتصادی در تقسیم بیت المال و غنایم جنگی، کشته شدن عثمان در سال 35 هجری و جهالت مردم نسبت به فضایل و جایگاه امام علی(ع) ، جامعه ای را پدید آورده بود که تاب احیای حکومت نبوی در قالب عدالت محوری امام علی(ع) را نداشت. بعد از بیعت مردم با آن حضرت، حکومت ایشان با چالش های سیاسی و نظامی، از قبیل جبهه گیری سران و اشراف مناطق حجاز، عراق، یمن و شام در مقابل ایشان، و همچنین جنگ های جمل، صفین و نهروان روبرو شد. بازگشت فرهنگ جامعه به تعصبات قبیله ای، و تشکیل جلسات قصه خوانی و نقل اسرایلیات نیز از جمله چالش های فرهنگی موجود در زمان حکومت علی(ع) بود. در این بستر اجتماعی، گروه های سیاسی مذهبی متعددی از قبیل اندیشه علوی، اندیشه عثمانی، گروه قاعدین، خوارج و مرجیه شکل گرفت. مردم که تحت تاثیر منحرفین، از جنگ خسته شده بودند، عملاً از فرمان امام سرپیچی می کردند. آن حضرت در برابر مشکلات سیاسی به مدارا و گفتگو با مخالفان، و قاطعیت در مقابل تهدیدکنندگان اصول و ارزش های اسلامی پرداخت. او با اقداماتی نظیر پس گرفتن بیت المال از متعرضین به آن، تقسیم مساوی بیت المال، تقسیم غنایم جنگی بین رزمندگان، دعوت غلات به حق و در نهایت سرکوب آن ها، راهنمایی و سرزنش صوفیان، به مقابله با چالش های اقتصادی و فرهنگی زمان خویش پرداخت. تلاش های آن حضرت، احیای سنت نبوی، سرکوب زیاده خواهان و قدرت طلبان، روی کار آمدن افراد شایسته و باایمان، عدالت در تقسیم بیت المال و برخورد با متخلفین برای استیفای حق مردم را در پی داشت.