ابزار شناخت و معرفت شامل چهار طریق حس، عقل، نقل و کشف می باشد، که از میان آن ها حس به حقایق اشیاء راه ندارد، و نمی تواند طریقی برای معرفت فلسفی باشد. سایر ابزارها نیز هرکدام به تنهایی ناقص هستند؛ زیرا عقل محدود است، و نقل نیازمند تفسیر بوده، و شهود نیاز به بیان دارد. به علاوه، در صورت تعارض ظاهری، شهود بر عقل و نقل مقدم می گردد. با توجه به این ویژگی ها، روش فلسفه ملاصدرا، جمع میان عقل و نقل و شهود است. ملاصدرا کوشیده است تا با استفاده از این ابزارها طرح مسأله نماید، از آن ها در گردآوری مقدمات بهره بگیرد، و نتایج حاصل را نیز بر اساس آن ها ارزیابی کند. البته چینش مقدمات و نتیجه گیری تنها به عهده عقل می باشد. این روش را می توان یک روش ا بداعی در فلسفه دانست که توسط ملاصدرا به کمال رسیده است. توجه به جنبه های سلبی و ایجابی عقل، نقل و شهود را می توان جزء مبادی اختصاصی حکمت متعالیه دانست. همچنین توجه به تزکیه و تهذیب نفس، و توجه به شهود حقایق و وصول به آن ها را می توان جزء مبادی مشترک حکمت متعالیه و حکمت اشراق و عرفان نظری دانست. ملاصدرا انواع معرفت را شامل معرفت حسی، خیالی، عقلی و کشفی می داند، که از طریق حس، خیال، عقل، قلب، روح، سرّ، خفی و اخفی می تواند حاصل شود. همچنین او صدق را به معنای مطابقت با واقع می داند، که در این صورت خطا و کذب در کشف و شهود و علم حضوری معنا ندارد؛ و خطای احتمالی کشف و شهود مربوط به فاعل، و در مقام کشف یا در مقام بیان می باشد. اشکالاتی که به روش ملاصدرا در جمع عقل و نقل و کشف مطرح شده، یا معلول آن است که این سه مقوله در عرض یکدیگر دانسته شده، و یا به خاطر آن است که جمع را به معنای انطباق گرفته اند؛ در حالی که جمع اعم از انطباق است.