در این پایان نامه ساختار مولکولی، تخصیص فرکانس های ارتعاشی به شیوه ارتعاش در مولکول پیریمیدین و کمپلکس کاتیونی پیریمیدین - پیریمیدینیوم [pym2h]+ و مشابه دیوتره شده آن و هم چنین سطوح انرژی پتانسیل مربوط به حرکت پروتون در یک پتانسیل جفت کمینه متقارن به وسیله نظریه تابعی چگالی (dft) بررسی گردید. تابع پایه به کار رفته تابع استاندارد 6-311++gg** و سطح محاسباتی روش نظریه تابعی چگالی در روش b3lypاست. اثر حلال (پیریمیدین) بر روی کمپلکس کاتیونی و مشابه دیوتره شده آن با استفاده از مدل onsager در روش scrf در سطح و تابع پایه ذکر شده بررسی شد. با استفاده از آنیون پرکلرات، کمپلکس کاتیونی و مشابه دیوتره شده آن سنتز شدند. سپس طیف زیر قرمز و رامان آن ها ثبت گردید. برای مطالعه حرکت هیدروژن از یک تابع پتانسیل یک بعدی با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتوم در سطح و تابع پایه ذکر شده در فوق برای بهینه سازی ترکیبات یاد شده، استفاده گردید. فرکانس های تونل زنی پروتون به ترتیب مقادیر 478+-2 و 146-+2 -1 در فاز گاز و مایع به دست آمد. ارتفاع سد انرژی پتانسیل در برابر حرکت پروتون در کمپلکس +[pym2h]، در فاز گازی 61/2 kcal/mol و در فاز محلول 54/5 lcal/mol تخمین زده شد. نوارهای موجود در محدوده ی 1666 و 1298 cm-1 به ترتیب به شیوه خمش درون صفحه ای n-h و برون صفحه ای n-h نسبت داده شدند.