هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی تنوع و تفاوت های ژنتیکی موجود در جمعیت اسب کردی در ایران با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهواره ای بود. در این پژوهش از 99 راس اسب کرد متعلق به استان های کرمانشاه، کردستان، همدان و آذربایجان غربی در ارزیابی تنوع و تفاوت ژنتیکی درون جمعیتی استفاده شد. استخراج dna به روش استخراج نمکی از نمونه های خون جمع آوری شده، انجام گرفت. از بین چهار آغازگر طراحی شده، دو آغازگرp2:(ga)9c و p1:(ag)9c که تعداد باند و پلی مورفیسم بیشتری را نشان داده بودند، برای اجرای این تحقیق انتخاب شدند. آغازگر های مورد استفاده در مجموع 50 باند تولید کردند که 45 باند (90 %) آن پلی مورف بودند. دندروگرام روابط ژنتیکی درون جمعیت با استفاده از اطلاعات حاصل ماتریس باینری و به روش xlstat ترسیم گردید. میانگین (± انحراف معیار) تنوع ژنی با استفاده از دو آغازگر (ga)9c و (ag)9c برای کل نمونه های جمعیت 1560/0± 3646/0بود. بررسی تشابه ژنتیکی درون جمعیت ها به دو روش استاندارد نئی (1972) و روش نا اریب نئی (1978) نشان داد که بیشترین تشابه ژنتیکی بین گروه های درون جمعیت اسب کردی توسط آغازگر (ag)9cمشاهده شد. دندروگرام بدست آمده از آغازگر (ag)9c جمعیت را به چهار گروه، آغازگر (ga)9c جمعیت را به هفت گروه و ترکیب هر دو آغازگر جمعیت را به سه گروه تقسیم کرد. میانگین (± انحراف معیار) شاخص شانن بدست آمده توسط آغازگر (ag)9c مقدار 1832/0±5772/0، (ga)9c، 2546/0±5382/0 و برای ترکیب دو آغازگر 2091/0±5311/0 در جمعیت بود. مقادیر بدست آمده برای آلل موثر، درصد باند پلی مورف، تنوع ژنی نئی و شاخص شانون با آغازگر (ag)9c تنوع ژنتیکی بیشتری را نسبت به آغازگر (ga)9c در جمعیت اسب کردی نشان داد.