بررسی تنوع ژنتیکی در بین توده های یک گونه اطلاعات پایه ای را جهت حفظ تنوع گونه ها و یافتن پایه های مادری برتر برای حفاظت ذخایر بذری و اصلاح نبات ارائه می کند.گیاه پنیرباد (withania coagulans)، متعلق به خانواده سولاناسه، یکی از مهمترین گیاهان دارویی می باشد. در این تحقیق، الگوی پروتئین های ذخیره ای بذر20 توده گیاه دارویی پنیرباد برای تعیین تنوع، همچنین ارزیابی متابولیت های ثانویه مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور، پس از استخراج پروتئین های ذخیره ای بذر، غلظت پروتئین ها به روش bradford تعیین گردید. همچنین تفکیک پروتئین های ذخیره ای بذر بر اساس روش لاملی و با استفاده از سیستم الکتروفورز ژل پلی اکریلآمید در حضور سدیم دو دسیل سولفات در ژل جدا کننده 10 درصد و ژل متراکم کننده 5 درصد انجام پذیرفت. به منظور تجزیه داده های الکتروفورزی به حضور و عدم حضور هر یک از باندها به ترتیب عدد یک و صفر داده شد. تعداد 39 نوار پلی مورف در توده های مورد مطالعه مشاهده گردید. بیشترین تعداد نوارهای پلی مورف مربوط به نمونه های 28 و 158 و کمترین تعداد مربوط به توده 1 بود. در تجزیه خوشه ای با رسم دندروگرام upgma توده های مورد نظر دسته بندی و میزان قرابت ژنتیکی میان آنها تعیین گردید. این نتایج، توده ها را به چهار دسته تقسیم کرد. کمترین فاصله ژنتیکی بین توده های 8 و 18 بود که ممکن است نشان دهنده منشأ ژنتیکی مشترک بین آنها باشد. بیشترین فاصله ژنتیکی هم بین توده های (019 ، 158) ،( 22 ، 158 ) و (022 ، 28 ) بود. همچنین نتایج نشان دهنده حضور ترکیبات فنلی بطور میانگین بر حسب گالیک اسید 75/109 میکروگرم در گرم وزن خشک، ترکیبات فلاونوئیدی با میانگین 06/3 درصدو محتوای کربوهیدرات با میانگین 23/17 میلی گرم درگرم وزن خشک در بذر این گیاه می باشد. نتایج حاصل از این تحقیق بیانگر وجود تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای در بین توده های مختلف پنیرباد می باشد که می توان از این تنوع در راستای تدوین برنامه های حفاظت از ذخایر ژنتیکی و اصلاحی این گیاه دارویی با ارزش استفاده کرد. همچنین این گیاه قابلیت بهره گیری در تولید مواد دارویی گیاهی را دارا می باشد.