هدف اصلی مطالعات تنوع ژنتیکی، شناخت ویژگی های ذاتی و قابل توارث گیاهان و تلاش برای حفاظت از این ویژگی-های ذاتی است. ارس (juniperus polycarpos k.koch) از تیره سرو (cupressaceae)، یکی از مهم ترین گیاهان پرستار در کوهستان های صخره ای خشک و نیمه خشک است. شمال شرق به دلیل داشتن چندین زیستگاه برای این گیاه، یکی از بزرگترین ذخایر ژنتیکی ارس در کشور ایران است. تخریب بیش از حد این گیاه در سال های اخیر، قدرت احیای بشدت ضعیف ارس و نامشخص بودن وضعیت سیستماتیکی آن شرایط ویژه ای را برای این درخت ارزشمند بوجود آورده است. سه نشانگر ریزماهوارک، نشانگر کلروپلاستی rpl32-trnl و نشانگر هسته ای its برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و تعیین جایگاه فیلوژنتیکی گونه های ارس شمال شرق ایران در جنس juniperus l. استفاده شد. 20 نمونه که از چهار جمعیت مختلف شمال شرق ایران (لائین، شکراب، گلول و سرانی، و کردینه) نمونه برداری شده بودند، تحت بررسی قرار گرفتند. از میان پنج نشانگر فقط نشانگر its، محصول پی سی آر تولید کرد. میزان تنوع نوکلئوتیدی اندازه گیری شده برای همه این 20 نمونه برابر با 00186/0 بود. جمعیت کردینه با میزان تنوع 00573/0 بیشترین تنوع را داشت و جمعیت های مناطق گلول و سرانی، و لائین فاقد تنوع بودند. نتایج مطالعه فیلوژنتیکی به روش بیزین، نشان داد که ارس های خراسان متعلق به گونه juniperus excelsa m.bieb هستند و گونه j. polycarpos در شمال شرق ایران وجود ندارد. انزوای طولانی مدت جمعیت های ارس شمال شرق از یکدیگر و همچنین نشانه های پلی پلوئیدی و احتمالا دورگه گیری در ارس-های شمال شرق مشاهده شد. کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی، juniperus excelsa، juniperus polycarpos، شمال شرق ایران