در حوزه ژنومیکس مقایسه ای، با مقایسه اطلاعات ژنتیکی در سطح توالی ژن های موجود در ژنوم(ها)، شناسایی نواحی ژنومیک متشابه امکان پذیر است که برای مطالعه ساختار و نحوه تکامل ژنوم(ها) به کار می رود. برای بخش های ژنومیک متشابه موجود، پروفایل هایی براساس هم ترازی بر روی این بخش های ژنومیک متشابه به دست می آید. از این پروفایل ها برای تشخیص بخش های جدید از ژنوم که متشابه با پروفایل های موجود باشند، استفاده می شود. درهم ترازی فوق الفبای هر توالی ژن ها هستند. به چنین توالی هایی اصطلاحا لیست های ژنی گویند. تاکنون برای هم ترازی لیست های ژنی روش های پیش رونده و حریصانه ارائه شده است که در این بین، روش های حریصانه مبتنی بر روش های ابتکاری نتایج بهتری داشته اند. با این وجود، در روش ابتکاری با دقت بالا، پیچیدگی محاسباتی زیاد و سرعت اجرای الگوریتم بسیار پایین است و در روش های ابتکاری سریع، دقت تاحدی کاهش پیدا کرده است. در این پایان نامه، ابتدا الگوریتمی برای تشخیص نواحی تناقض در لیست های ژنی ارائه شده است. سپس عملیات وزن دهی مجدد روابط تشابه در این نواحی انجام می شود و درنهایت به اجرای الگوریتم هم ترازی پس رو در هر ناحیه می پردازیم. هدف ما افزایش دقت هم ترازی با وزن دهی مجدد و اجرای الگوریتم هم ترازی پس رو در نواحی تناقض است. نتایج ارزیابی نشان می دهد که اجرای الگوریتم هم ترازی پس رو در نواحی تناقض بر مبنای روش های ابتکاری سریع دارای بهبود قابل توجهی در دقت هم ترازی نسبت به روش پایه gg2 است.