مطالعه تنوع ژنتیکی در جمعیت های گیاهی، پایه و اساس تحقیقات و برنامه های اصلاحی می باشد. پرتقال یکی از میوه های مهم دنیاست که در مناطقی با آب و هوای گرمسیری یا نیمه گرمسیری رشد می نماید. در ایران نیز بعضی از گونه های مرکبات به صورت سنتی کشت می شدند و در دهه های اخیر کشت آن ها افزایش یافته است تا آنجا که ایران را جز هشت کشور بزرگ تولید کننده این محصول قرار داده است. شهرستان جیرفت با دارا بودن آب و هوای گرمسیری و دارا بودن 36000 هکتار سطح زیر کشت مرکبات و تولید 20 تا 25 تن محصول در هکتار سومین رتبه کشوری را دارا می باشد. استفاده از نشانگر های مولکولی برای شناسایی شباهت ژنتیکی و مطالعات ژنتیک جمعیت به عنوان یک ابزار مهم مطرح است و از این میان رتروترانسپوزون ها از نشانگر های مهم محسوب می شوند. هدف این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی پرتقال های موجود در کلکسیون مرکبات جیرفت بوسیله مارکر های مبتنی بر رتروترانسپوزون بود. استخراج dna به روش doyle and doyle انجام شد. 19 رقم پرتقال مورد مطالعه شامل 2 رقم داخلی و 17 رقم وارداتی بودند که ارقام وارداتی جزو مهم ترین ارقام تجاری کشور می باشند و رقم محلی جیرفت از مناسب ترین ارقام پرمحصول منطقه می باشد. ارقام مورد نظر با 4 جفت آغازگر رتروترانسپوزونی آنالیز شده و محصولات pcr بر روی ژل آگارز بارگذاری شد. حضور و یا عدم حضور باند بصورت یک و صفر امتیازدهی شد. از تست مانتل به منظور تعیین میزان همبستگی بین ماتریس تشابه و کوفنتیک استفاده شد و ضریب کوفنتیک r=0.9 بدست آمد. تجزیه خوشه ای داده ها بر مبنای روش upgma و ضریب تشابه دایس انجام گرفت که ارقام به چهار گروه اصلی تفکیک شدند. در تجزیه به مولفه های اصلی نیز 8 مولفه اول در مجموع 88 درصد از کل تغییرات را توجیه کردند. سهم مولفه اول در میزان تنوع مشاهده شده 31 درصد، مولفه دوم 13 درصد و مولفه سوم 12 درصد از کل تغییرات را توجیه کرد.