آگاهی از سطح تنوع ژنتیکی و برآورد میزان آن در ژرم پلاسم و تعیین روابط ژنتیکی مواد اصلاحی، پایه و اساس بسیاری از برنامه های اصلاح نباتات به شمار می رود. در این مطالعه 50 تود? آفتابگردان آجیلی با استفاده از 10 نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. تعداد آلل در هر مکان ژنی بین 2 تا 3 و میانگین تعداد آلل به ازای هر مکان ژنی 1/2 بود. رنج تعداد آلل موثر از 964/1 در مکان ژنی ors785 تا 497/1در مکان ژنی ors1088 بود. میانگین آلل موثر برابر832/1 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب برابر 439/0و 723/0 بدست آمد. بیشترین هتروزیگوسیتی موردانتظار برابر490/0و کمترین میزان آن 285/0 بود که به ترتیب در مکان های ژنیors785 و ors1088 مشاهده شد. بیشترین هتروزیگوسیتی مشاهده شده برابر 895/0 و کمترین آن 428/0 بود که به ترتیب در مکان های ژنی ors785 و ors1088 مشاهده شد. تجزیه کلاستر افراد 50 توده را براساس ضریب فاصله ژنتیکی جاکارد و الگوریتم complete، به 4 گروه تقسیم بندی نمود. بر طبق تجزیه واریانس مولکولی (amova)، میزان تنوع درون توده ها %91 و تنوع بین توده ها %9 می باشد. براساس این تحقیق می توان نتیجه گرفت که درون جمعیت های آفتابگردان آجیلی تنوع ژنتیکی زیادی وجود دارد و تنوع زیاد به علت دگرگشن بودن این گیاه و انتقال دان? گرده قابل توجیه است. براساس نتایج حاصل در برنامه های به نژادی آفتابگردان آجیلی، می توان انتخاب را درون تودهها انجام داد.