ارقام تجاری سیب زمینی ساختار ژنتیکی متفاوتی دارند و شناسایی این ارقام از یکدیگر امری ضروری است. استفاده از نشانگرهای isrr به علت سادگی و بالا بودن سرعت تکنیک، ایجاد الگوی نواری منحصر به فرد و حجم اطلاعات زیاد برای انگشت نگاری مولکولی مناسب می باشد. تنش رطوبتی تأثیر قابل ملاحظه ای بر رابطه علت و معلولی میان صفات دارد. تجزیه علیت مقدار اثرات مستقیم و غیرمستقیم از اجزای علت و معلولی را نشان می دهد. در مطالعه حاضر، در آزمایش نخست چندشکلی 16 آغازگر issr در بیست رقم تجاری سیب زمینی مورد بررسی قرار گرفت که تنها 6 آغازگر تنوع خوبی نشان دادند. در مجموع 65 باند dna تولید شد که از بین آنها 61 نوار (85/93%) چند شکل و 4 نوار تک شکل بودند. متوسط pic، 30/0 و شاخص اطلاعات شانون و نی در این افراد به ترتیب برابر 5/0 و 33/0 بود. گروه بندی ژنوتیپ ها با استفاده از الگوریتم upgma و مدل محاسبه فاصله بر اساس تعداد اختلافات (number of differences)، انجام شد. بر این اساس ژنوتیپ ها به پنج گروه منتسب شدند. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که واریانس درون گروه ها (92 درصد) سهم بیشتری در تبیین واریانس مولکولی کل در مقایسه با واریانس بین گروه ها (ارقام زودرس و دیررس) داشت. بیشترین شاخص اطلاعات شانن و تنوع ژنی نی مربوط به آغازگر ubc835 و کمترین شاخص اطلاعات شانن و تنوع ژنی نی به ترتیب مربوط به آغازگرهای ubc827 و ubc855 بود. در تجزیه به مولفه های اصلی با استفاده از نشانگرهای issr، سه مولفه اصلی، در مجموع 24/67 درصد تغییرات مولکولی کل را تبیین کردند. رگرسیون بر اساس روش گام به گام برای صفت عملکرد و بر اساس داده های issr دو مدل پیشنهاد نمود، که در بهترین مدل نوار 1 و 7 نشانگر ubc827 قرار گرفتند. همچنین، در آزمایش دوم به منظور یافتن همبستگی و روابط علت و معلولی بین خصوصیات مورفوفیزیولوژیکی (وزن خشک ساقه، وزن خشک برگ، وزن خشک اندام های هوایی، وزن خشک ریشه، تعداد غده درشت، تعداد کل غده، وزن تر غده های درشت و عملکرد ) در شرایط تنش رطوبتی و نرمال در مهمترین ارقام تجاری سیب زمینی، آزمایشی به صورت کرت های خرد شده بر پایه بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در گلخانه دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد انجام شد. تجزیه واریانس چند متغیره اختلاف معنی داری بین سطوح تنش و بین ارقام مورد مطالعه نشان داد. در تجزیه واریانس تک متغیره نیز اختلاف بین ارقام مورد مطالعه در سطح احتمال یک درصد برای کلیه صفات معنی دار بود. مقایسه گروهی در شرایط تنش و نرمال در اغلب صفات متفاوت بود. بطوریکه در شرایط تنش رطوبتی برای صفت عملکرد آرنوا مقاوم و رقم بامبا حساس بود. نتایج همبستگی، رگرسیون گام به گام و تجزیه علیت در شرایط تنش نشان داد، وزن تر غده های درشت، همبستگی مثبت معنی داری با عملکرد دارند و از مهمترین اجزای موثر بر عملکرد محسوب می شوند. تجزیه خوشه ای داده های کمی در شرایط نرمال ارقام را به سه گروه منتسب نمود که با تجزیه خوشه ای در شرایط تنش متفاوت بود. تجزیه خوشه ای داده های کمی در شرایط تنش رطوبتی نیز ارقام را به سه گروه مجزا نمود.