شیوه تدوین و تنظیم مقالات بر اساس استانداردهای علمی یکی از عواملی است که بر کیفیت مقالات تأثیر می‏گذارد، این مطالعه با هدف ارزشیابی کیفیت ساختاری مقالات منتشر شده در مجلات علمی- پژوهشی علوم پزشکی ایران بر اساس دستورالعمل کمیته بین‏المللی سردبیران مجلات پزشکی در سال‏های 1391-1389 انجام گرفت. این مطالعه به روش ارزیابانه و با استفاده از سیاهه وارسی انجام گردید. مجلات با روش نمونه گیری ساده و مقالات هر مجله با روش نمونه‏گیری منظم انتخاب شدند. فراوانی میزان تطابق بخش های مختلف مقالات با استاندارد icmje سنجیده شد و جهت تجزیه و تحلیل داده‏ها، از نرم افزار آماری اس پی اس اس و نیز از آزمون‏های آماری نسبت و کروسکال والیس در سطح معناداری 05/0p< استفاده شد. بررسی مقالات بر اساس استاندارد icmje نشان داد که بخش‏های چکیده، روش پژوهش و تصاویر دارای بیش‏ترین اشکالات بودند و بخش های مقدمه، یافته‏ها و جداول در وضعیت مطلوب قرار داشتند. میانگین نمرات مقالات بر استاندارد icmje در مجلات ایرانی انگلیسی زبان بیش‏تر بود ولی این تفاوت بر اساس آزمون آماری من ویتنی معنادار نبود (07/0 = sig‏ )، هم چنین تفاوت معناداری بین نمرات مقالات بر اساس استاندارد مذکور در زمینه های موضوعی ژنتیک، خون، میکروبیولوژی، مشاهده شد (000/0 = sig‏ )‏. میانگین نمرات مقالات در سال 1391 بیش تر بود که این تفاوت بر اساس آزمون کروسکال والیس معنادار نبود‏ (557/0 = sig‏ ). بررسی و مقایسه یافته‏های پژوهش حاضر با پژوهش‏های مشابه نشان داد که کیفیت در بخش‏های مختلف مقالات در سال‏های اخیر روند رو به رشدی داشته و ارتقاء یافته است، اما هنوز بین کیفیت مقالات علوم پزشکی با سطح مطلوب تفاوت معناداری وجود دارد.