استخراج dna از نمونه های خون گوسفندان نژاد بلوچی و نائینی به روش نمکی بهینه یافته انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز برای تکثیر قطعات 414 و 494 جفت بازی به ترتیب از اگزون 2 و اگزون 3 ژن های tlr9 و tlr4 با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. جهت شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن های tlr9 و tlr4 در آنالیز اس اس سی پی از ژل پلی اکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده شد. در جایگاه مورد بررسی از ژن tlr9، در گوسفندان نائینی پنج آلل پنج آلل a، b، c، d و e به ترتیب با فراوانی 626/0، 1/0، 033/0، 04/0و 201/0 و در جمعیت گوسفندان نژاد بلوچی با فراوانی 53/0، 27/0، 02/0، 069/0و 111/0و پنج نوع ژنوتیپ aa، ab، ac، ad و ae در جمعیت نائینی به ترتیب با فراوانی18/25، 14/20، 47/6، 93/7 و28/40 درصد و در جمعیت بلوچی با فراوانی 47/6، 68/54، 9/2، 65/13 و 3/22 مشاهده شد. همچنین در جایگاه ژنی مورد بررسی tlr4، در جمعیت گوسفندان نژاد نائینی چهار آلل a، b، c و d به ترتیب با فراوانی 656/0، 34/0، 004/0 و 0 درصد و در جمعیت گوسفندان نژاد بلوچی چهار آلل a، b، c و d به ترتیب با فراوانی 551/0، 331/0، 114/0 و 004/0 و چهار نوع ژنوتیپ aa، bb، bc و bd در نژاد نائینی به ترتیب با فراوانی58/65 ، 6/33 ، 82/0 و 0 درصد و در جمعیت بلوچی با فراوانی 15/55، 32/21، 8/22 و 73/0 مشاهده شد. در گوسفند نژاد نائینی جایگاه نشانگر tlr9 روی وزن تولد اثر معنی دار داشته اما اثر جایگاه tlr4 روی این صفت نبوده است. در گوسفند نژاد بلوچی جایگاه نشانگر tlr9 روی وزن تولد و وزن سه ماهگی اثر معنی دار داشته اما اثر جایگاه tlr4 روی این صفت نبوده است. مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی برای دو جایگاه ژنی tlr9 و tlr4 بین دو نژاد تفاوت معنی داری را نشان نداد.