گیاه مامیران (chelidonium majus. l) یکی از ذخایر مهم دارویی در دنیا محسوب می شود. از آنجایی که تنوع ژنتیکی این گیاه در مطالعات جهانی بررسی نشده، لذا در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی 14 اکوتیپ مامیران کبیر با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr مورد بررسی قرار گرفت. آغازگر (ct)8rg بیشترین میزان باند (20) و آغازگر ca)8g) بیشترین چندشکلی (8/92) را در بین آغازگرها تولید کرد و آغازگرهای (ac)8yt و (ga)8c کمترین میزان چند شکلی (5/54 درصد) را داشتند. در نهایت 158 مکان باندی توسط آغازگرهای issr تکثیر شدند که 130 مکان از آن ها چند شکلی نشان دادند. برای ارزیابی شباهت ژنتیکی میان نمونه ها از تجزیه خوشه ای با استفاده از ماتریس تشابه جاکارد با روش upgma استفاده گردید. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی، نمونه ها را در 7 شاخه، دسته بندی کرد. نتایج گروه بندی تجزیه کلاستر تا حد زیادی عدم ارتباط بین تنوع مولکولی و تنوع جغرافیایی را نشان می دهد و به نظر می رسد این امکان وجود دارد که یک نمونه از یک منطقه جغرافیایی به منطقه دیگر مهاجرت کرده باشد و از منشاء اولیه خود فاصله گرفته باشد. کمترین شباهت ژنتیکی 16/0 بین دو نمونه مامیران شیرگاه (c16) و سیاه کلاه (c30) و بیشترین شباهت ژنتیکی 85/0 بین نمونه های جهانزار (c1) و (c2) دیده شد. نتایج حاصل از جدول واریانس مولکولی، میزان تنوع بین جمعیت و درون جمعیت را برای نشانگر issr، به ترتیب 9% و 91% نشان داد. نتایج این پژوهش نشان داد که نشانگرهای issr به طور موثری می توانند برای مطالعه تنوع ژنتیکی توده های مامیران کبیر استفاده شوند.