گاز هیدروژن سولفید بسیار سمی، خورنده، قابل اشتعال و دارای بوی ناخوشایند می باشد. این گاز در مناطق تصفیه فاضلاب، کارخانجات، مناطق تولید کمپوست و بیوگاز تولید می گردد و گاز طبیعی نیز اغلب حاوی مقادیری از هیدروژن سولفید است. در میان روش های بیولوژیک حذف این گاز، بیوفیلتراسیون به دلیل هزینه های سرمایه ای و عملیاتی پایین، انرژی کم مورد نیاز، راندمان حذف بالا، عدم تولید محصولات جانبی نیازمند به تصفیه بیشتر و یا دفع و سازگاری با محیط زیست، یکی از امیدوارکننده ترین روش ها است. هدف این مطالعه بهینه سازی رشد باکتری های acidithiobacillus thiooxidans و acidithiobacillus ferrooxidans جهت گوگردزدایی زیستی توسط این باکتری ها و همچنین جداسازی و شناسایی باکتری های گوگردی در جهت انتخاب سویه برتر برای حذف موثرتر گوگرد از مناطق آلوده است. بهینه سازی عواملی مانند مقدار گوگرد محیط کشت، ph محیط کشت، دمای محیط، میزان گوگرد در دسترس باکتری، شوک دمایی، مقدار مایع تلقیح و تنظیم ph محیط، بر رشد و مصرف گوگرد باکتری های a. thiooxidans و a. ferrooxidans مورد بررسی قرار گرفت. در پژوهش حاضر بیوفیلتر حذف گاز h2s در مقیاس آزمایشگاهی و با سیستم بسته (batch) راه اندازی و از باکتری های a.thiooxidans و a. ferrooxidans و جدایه sob1 در این بیوفیلتر استفاده شد. با استفاده از باکتری های a. thiooxidans و a. ferrooxidans درون بیوفیلتر در مدت حدود 4 ساعت، میزان حذف گاز h2s توسط باکتری a. thiooxidansبا مقدار گاز اولیه ppm200، در حدود 42% و توسط باکتری a. ferrooxidans 64% مقدار گاز اولیه بود. با مقدار گاز اولیه ppm100، میزان حذف گاز h2s توسط باکتری a.thiooxidansدر حدود 70% و توسط باکتری a. ferrooxidans در حدود 75% بود. همچنین باکتری a. thiooxidans در حالت گرسنگی با مقدار اولیه ppm 200 گاز h2s درون بیوفیلتر، میزان حذفی در حدود 80% مقدار اولیه و با مقدار اولیه ppm 100 گاز h2s درون بیوفیلتر، میزان حذف در حدود 60% داشت. در ادامه با به کار بردن جدایه sob1 درون بیوفیلتر، با هر دو مقدار اولیه گاز h2s، به علت تعداد پایین باکتری درون بیوفیلتر میزان حذف کمتر از 10% حاصل شد. نمونه گیری از آب و رسوبات چشمه ی طبیعی و بکر قلعه سرخ واقع در تربت جام و کشت نمونه ها در محیط های جداسازی باکتری های اکسیدکننده گوگرد سبب جداسازی سه جدایه sob1، sob2 و sob3 شد. شناسایی مولکولی و بیوشیمیایی نشان داد که جدایه sob1 بیشترین شباهت را به جنس pseudomonas و جدایه sob2 بیشترین شباهت را به جنس thiomonas دارد.