شیخ مرتضی انصاری، گرچه اثر مستقلی در تفسیر قرآن از وی بدان دست نیافتیم ولی در لابلای آثار فقهی و اصولی خود به تفسیر آیات بسیاری پرداخته که می توان نظریه تفسیری ایشان را اکتشاف کرد و مقصود از نظریه تفسیری شیخ مرتضی انصاری مبانی، منابع، روش، قلمرو تفسیری است که در این میان دو مولفه "مبانی" و "روش" نمود و جلوه خاصی دارد به طوری که دو مولفه دیگر را می توان در ضمن آن دو بحث کرد بلکه با این دو ارتباط عمیقی دارد. مبانی شیخ را می توان به دو مبنای ادبی و کلامی تقسیم کرد و از جمله مبانی ادبی وی در تفسیر پذیرش حجیت سیاق آیات، حجیت قول لغوی و چند معنایی می باشد. شیخ انصاری در مبانی کلامی تفسیر معتقد به اصل امکان فهم، حجیت ظواهر قرآن، نیازمندی ذاتی و عرضی بودن قرآن به تفسیر، جامعیت نسبی آن، جاودانگی و جهانی بودن آن، تحریف ناپذیری آن و هدایتی بودن آن می باشد. و از آنجائی که سه عامل مهم در محدود کردن یا توسعه دادن بعد هدایتی قرآن نقش اساسی داشته، که عبارت باشد از: نسخ، تخصیص و سبب نزول، به بررسی هر یک از آنها پرداخته و عدم تنافی هریک با بعد هدایتی بودن قرآن را بیان کرده است. و با توجه به آنچه در روش تفسیر شیخ مرتضی در میراث مکتوب وی آمده، اگر بخواهیم قضاوت کلی در مورد روش تفسیری شیخ مرتضی انصاری داشته باشیم، باید بگوئیم روش تفسیری وی «روش اجتهادی جامع » است. شیخ در تفسیر آیات قرآن از هر منبع قابل اعتمادی که می توانسته مفسر کلام الهی شود، بهره برده است. وی گرچه در تفسیر آیات قرآن از روش تفسیر روایی بسیار استفاده نموده اما بر این روش هیچ گونه تعصبی نداشته و در موارد لازم به تفسیر قرآن به قرآن دست یازیده، و گاهی نیز عقل را در تبیین کلام خداوند مدخلیت بخشیده و در مواضعی به تبیین معنای لغوی و گاه اصطلاحی کلمات به شیوه اجتهادی پرداخته است.