قارچ macrophomina phaseolina ، عامل پوسیدگی ذغالی، یک پاتوژن گیاهی مهم بخصوص در کنجد می باشد. جهت مطالعه تنوع ژنتیکی جدایه های این قارچ از گیاه کنجد، 60 جدایه از 10 استان کشور شامل استان های بوشهر، فارس، کرمان، خوزستان، خراسان جنوبی، گلستان، مازندران، یزد و هرمزگان با توجه به پراکنش جغرافیایی انتخاب و مورد مطالعه قرار گرفت. تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از نشانگر های urp-pcr و issr بررسی شد. باند های حاصل از 5 آغازگر مورد استفاده در issr و هشت آغازگر از میان 12 آغازگر urp-pcr آزمون شده مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از الگوی مربوط به این آغازگر ها با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma در برنامه ntsys-pc انجام گرفت. تجزیه خوشه ای داده-های حاصل از تلفیق دو نشانگر در سطح تشابه 78 درصد جدایه ها را به هفت گروه تقسیم نمود که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا بین جدایه ها می باشد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل این داده ها نشان دادند که ارتباطی بین ناحیه جغرافیایی و تنوع ژنتیکی وجود ندارد. به منظور تعیین کارایی نشانگرهای مورد استفاده، نسبت چند گانه موثر (emr) و شاخص نشانگری (mi) محاسبه شد. میانگین شاخص مارکری و نسبت چند گانه موثر به ترتیب 28/3 و 94/13 برای نشانگر issr، 56/1 و 54/5 برای نشانگر urp-pcr بدست آمد که بیانگر توانایی بیشتر این نشانگر در تعیین تنوع ژنتیکی این گونه قارچی است. این پژوهش، اولین مطالعه تنوع ژنتیکی عامل بیماری پوسیدگی ذغالی کنجد با استفاده از نشانگرهای urp-pcr و issr می باشد.