با توجه به اهمیت پژوهش های مرتبط با تنش های غیرزیستی، پژوهش حاضر در راستای شناسایی نشانگرهای مولکولی که ارتباط معنی داری با صفات مرتبط با تحمل به تنش غرقابی در جو دارند، انجام گرفت. این بررسی با استفاده از نشانگرهای aflpو40 ژنوتیپ جو صورت پذیرفت. به طور کلی تعداد 22 متغیر شامل هشت صفت در شرایط نرمال و تحت تنش غرقابی از جمله وزن خشک اندام هوایی، طول، حجم، وزن تر، وزن خشک، سطح، قطر و چگالی ریشه و شش شاخص تحمل ارزیابی شد. هفت ترکیب آغازگری ecoriو mseiدر کل تعداد 245 نوار تولید نمودند که از این تعداد، 227 نوار چندشکل بودند و به طور متوسط 37/92 درصد چندشکلی داشتند. سه ترکیب e90-m160، e100-m160 و e90-m150نسبت به سایر ترکیبات مقادیر بالاتری از شاخص های تنوع ژنتیکی مانند pic، شاخص نشانگری و شانون را به خود اختصاص دادند و در تمایز ژنوتیپ ها موثرتر بودند. تجزیه ارتباط با استفاده ماتریس ساختار جمعیت و با مدل های آماری glmو mlmبا استفاده از نرم افزار tasselبرای 22 متغیر انجام شد. مدل mlmدر سطح احتمال پنج درصد، 87 نشانگر را مرتبط با صفات ارزیابی شده شناسایی نمود. مطابق نتایج تجزیه ارتباط در شرایط نرمال، بالاترین ضریب تبیین به نشانگر e100-m160-27با توجیه 32 درصد از تغییرات قطر ریشه و برای شاخص های تحمل و صفات ارزیابی شده تحت تنش غرقابی به ترتیب به نشانگر e80-m150-1با 24 درصد توجیه تغییرات مربوط بهشاخص gmpو نشانگر e100-m150-22با تبیین 24 درصد از تغییرات فنوتیپی وزن خشک اندام هوایی اختصاص داشت.