امروزه همگام با افزایش جمعیت و فعالیت های بشری، مسائل مربوط به آب نیز مورد توجه فراوان قرار گرفته است. به طوری که مسائل مربوط به بحران و مدیریت آب از دیدگاه سازمان ملل پس از مشکل فزونی جمعیت، به عنوان دومین مسأله ی اساسی جهان شناخته شده است. حوضه آبخیز رودخانه زاینده رود در ایران مرکزی جزء حوضههای مهم و دیرینه می باشد که آب این رودخانه برای اهداف کشـاورزی، صـنعتی و آب آشامیدنی استفاده می شود. رشد صنایع در حاشیه رودخانه و وجود مناطق مسکونی در کنار رودخانه منجر به تخلیه فاضلاب آن ها به صورت مستقیم یا غیر مستقیم به رودخانه می شود. از این رو اندازه گیری میزان آلودگی در این رودخانه و یافتن الگوی مناسب از توزیع آلودگی می تواند ما را در جلوگیری یا کاهش مشکلات زیست محیطی یاری کند. جهت انجام این تحقیق نمونه هایی از 10 ایستگاه در طول رودخانه زاینده رود حد فاصل سد زاینده رود تا زرین شهر در شش نوبت در ماه های تیر، شهریور، آبان، دی و اسفند در سال1390 و اردیبهشت ‏1391 نمونه‏برداری شد. آنالیز‏های شیمیائی مربوط به ph، هدایت الکتریکی، عناصر مغذی نیترات و فسفر، عناصر سنگین (سرب، روی، مس و کادمیوم) در آب و رسوب و همچنین شاخص های میکروبی نمونه ها تعیین گردید. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اکثر پارامتر‏های اندازه‏گیری شده به جز کلیفرم مدفوعی، کادمیوم آب، روی و مس رسوبات در دوره های زمانی مختلف تفاوت معنی داری داشتند (p<0.01). همچنین همه ی پارامتر ها به استثنای کادمیوم رسوب در مکان (ایستگاه های مختلف) دارای تفاوت معنی-دار بودند (p<0.01). نتایج مقایسه میانگین پارامترهای مختلف مربوط به دوره های زمانی نشان داد که بیشترین مقدار پارامتر‏های ph، هدایت الکتریکی، نیترات و کلیفرم مدفوعی در تیرماه، فسفر در شهریور، سرب، کادمیوم و روی آب در آبان، روی رسوب در دی ماه، سرب، کادمیوم و مس رسوب در اردیبهشت ماه بودند. علاوه بر آن، نتایج مقایسه میانگین مکانی نشان داد که ایستگاه مورکان بیشترین میزان ph، بیشترین مقدار سرب، مس و روی به ترتیب در رسوب ایستگاه پل کله، چلیوان و سد تنظیمی رخ داده است. بقیه پارامترها در ایستگاه زرین شهر بیشترین مقدار را داشتند. بررسی منابع آلاینده نشان داد که در بالادست رودخانه زاینده رود منابع آلوده کننده محدود به رواناب سطحی و زه آب های حاصل از اراضی زراعی بود. بالا بودن آلاینده ها در ایستگاه‏های پایانی رودخانه (ایستگاه پل کله و زرین شهر) مربوط به وجود مراکز شهری و کارخانجات صنعتی بود. البته مقادیر هیچ یک از پارامتر ها از مقدار استاندارد تعیین شده برای آب های آشامیدنی ایران تجاوز نکرد.