به منظور بررسی تنوع و ساختار ژنتیکی 70 ژنوتیپ بومی، رقم تجاری و لاین اصلاحی جو، 100 جفت آغازگر ریزماهواره مورد استفاده قرار گرفت. با استفاده از 71 جفت آغازگر چندشکل، 290 آلل با دامنه 2 تا 15 و میانگین 08/4 آلل به ازای هر جایگاه ریزماهواره در ژنوتیپ های مورد بررسی تکثیر گردید. میانگین تنوع ژنی، میزان اطلاعات چندشکلی (pic) و فراوانی آلل شایع به ترتیب 42/0، 38/0 و 68/0 محاسبه گردید. برای تجزیه واریانس مولکولی ژنوتیپ های مورد مطالعه به دو گروه لاین های بومی و ارقام تجاری به همراه لاین های پیشرفته اصلاحی تقسیم شدند. نتایج نشان دهنده وجود تنوع ژنتیکی قابل قبول در بین دو گروه مورد مطالعه بود. همچنین سهم بیشتر واریانس درون گروهی (88?) در تبیین واریانس مولکولی کل بیانگر تنوع ژنتیکی بالا در درون گروه های تفکیک شده بود. واریانس مولکولی درون گروه ها تفاوت زیادی با یکدیگر نداشت و مقادیر برای ژنوتیپ های بومی و لاین های تجاری-اصلاحی به ترتیب برابر با 47/28 و 99/29 بود. شاخص تنوع ژنی نی و شاخص اطلاعات شانون برای گروه لاین های بومی به ترتیب 4/0 و 75/0 و برای گروه لاین های تجاری 39/0 و 7/0 برآورد شد که مبین وجود تنوع ژنتیکی قابل قبول در هر دو گروه می باشد. در تجزیه به بردارهای اصلی سه بردار اول در مجموع 57/76 درصد از کل واریانس مولکولی بین ژنوتیپ ها را تبیین کردند. نمودار پراکنش حاصل از دو بردار اول نشان دهنده پراکنش بالای افراد در درون و تفکیک نسبی گروه های مذکور بود که در کل وجود تنوع ژنتیکی قابل قبول در بین ژنوتیپ های مورد آزمایش را نیز تأیید کرد. تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم minimum evolution و ضریب فاصله jukes-cantor انجام شد. بر این اساس ژنوتیپ های مورد مطالعه به سه گروه اصلی و دو زیرگروه در داخل یکی از گروه ها تقسیم شدند. به طور کلی بر اساس نتایج بررسی های مولکولی تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای بین ژنوتیپ های مورد مطالعه مشاهده شد که از این تنوع می توان در برنامه های اصلاحی به منظور گزینش و تولید لاین های برتر استفاده کرد.