مواجهه با مسائلی که دارای پیچیدگی های ساختاری بوده و ذی نفعان مختلف دیدگاه های متفاوتی نسبت به آن دارند، موجب افزایش به کارگیری روش شناسی سیستم های نرم یا ssm در حل مسائل مدیریتی شده است. از سوی دیگر نواقص این روش شناسی در مرحله تعریف مسئله و مدل سازی و هم چنین عدم اولویت بندی پیشنهاد ها ارائه شده در مرحله پایانی آن، انگیزه ای برای بهره گیری از ابزار نقشه شناختی فازی یا fcm در این روش شناسی ایجاد نموده است. در این تحقیق با به کارگیری نقشه شناختی فازی در روش شناسی سیستم های نرم، شاکله و عوامل تشکیل دهنده یک مسئله روشن تر شده و با تکنیک های موجود در این مدل امکان ترکیب نظرات خبرگان مختلف به وجود می آید. با توجه به این که ssm دارای ابزارهای کمی نبوده، می توان از fcm به عنوان ابزاری تحلیلی و کمی در فاز ارائه پیشنهادها و تغییرات در سیستم نیز استفاده کرد. این تحقیق در زمره تحقیقات کاربردی است و بدلیل اینکه محقق علاقه مند است مسائل بخش پژوهش و فناوری را مورد مطالعه قرار دهد، بنابراین روش تحقیق توصیفی و از نوع پیمایشی است. جامعه آماری این تحقیق مدیران و کارکنان شرکت پالایش نفت شهید تندگویان و سازمان ها و افرادی که با این بخش مرتبط هستند، که براساس دیدگاه های شناسایی شده دیدگاه صنعت دارای 7 خبره، دیدگاه مراکز تحقیقاتی 7 خبره و دیدگاه دانشگاه 9 خبره بود. در پایان روش پیشنهادی این مطالعه برای تعیین اولویت های پژوهشی در شرکت پالایش نفت شهید تندگویان به عنوان مورد مطالعه اجرا شده است. این سیستم که تحت تأثیر دیدگاه ها و سیاست های مختلفی قرار داشته به وسیله روش شناسی پیشنهادی بررسی شده و متعاقب آن راه حل هایی برای توسعه سیستم به صورت اولویت بندی شده ارائه می شود.