در این پایان نامه سعی شده است مدلی از گفت و گوی مسالمت آمیز علم و دین ترسیم شده و به نقد مفاهیم و مکاتب فلسفی مانند پوزیتویسم علمی، تحویل گرایی متافیزیکی، ماتریالیسم علمی و خلقت گرایی علمی ترسیم گردد و نیز به بحث ارتباط علم و دین از منظری عقلی و نقلی به صورت موردی و تعیینی در دو حوزه زیست شناسی تکاملی و کیهان شناسی جدید با توجه به آیات قرآن کریم و روایات معصومین(ع) پرداخته شود. مباحث این پایان نامه در پنج فصل تنظیم و ارائه گردیده است. فصل اول، به کلیات و مفاهیم تحقیق، مانند طرح مسئله، تاریخچه بحث رابطه علم و دین، مفهوم فلسفه دین، چیستی دین، تعریف دین از دیدگاه متکلمان اسلامی و اندیشمندان غربی و ویژگی های دین، چیستی علم و فلسفه علم، رویکرد تاریخی- منطقی به فلسفه علم، تحدید علم و مابعدالطبیعه، روابط مفاهیم علمی با واقعیت و چیستی عقل اختصاص دارد. در فصل دوم، افزون بر بحث در زمینه علم و دین در بستر تاریخ و در دوره های قبل از سقراط، دوران سقراط، افلاطون، ارسطو و پس از آن ها، دوران قرون وسطی، عصر رنسانس، قرون هجدهم تا بیستم؛ مباحث مربوط به علم و دین و رابطه آن ها از منظر اندیشمندان غربی بیان شده و دیدگاه های آنان مبنی بر جدایی ساحت دین از علم در فرضیه هایی، مانند فرضیه داروین دیدگاه پوزیتویسم علمی و همچنین دیدگاه هایی مبنی بر همگرایی علم و دین در دنیای معاصر و تفکیک ناپذیری آن ها از منظر دین اسلام بررسی گردیده است. در فصل سوم، ذیل مبحثی به نام زیست شناسی تکاملی، به این مسأله پرداخته شده که آیا روند خلقت انسان و جهان روندی تکاملی است و اگر چنین است پیامدهای قبول تکامل چیست. نویسنده واکنش متکلمان مسلمان و غربی را در برابر این فرضیه مطرح و دو قول موافق و مخالف فرضیه تکامل در خلقت را جداگانه تجزیه و تحلیل کرده است. آن گاه وی دیدگاه آیه ها، روایات و آرای برخی از دانشمندان مسلمان، مانند علامه طباطبایی، استاد مصباح یزدی و استاد شهید مطهری را در این زمینه و در مورد آفرینش استقلالی و رد تحول انواع و نظریه تکامل مطرح نموده و پیامدهای پذیرش فرضیه تکامل را بررسی کرده است. فصل چهارم، به بررسی دیدگاه های مبتنی بر رابطه علم و دین و عدم رابطه آن ها در زمینه مباحث کیهان شناسی و جهت گیری های دانشمندان مسلمان و غرب در این باره اختصاص یافته و تأثیرگذارهای علمی و دینی بر یکدیگر در بحث جهان شناسی و ضرورت گفت وگوی بین آن ها تبیین گردیده است. فصل پنجم، به تجزیه و تحلیل و نقد و ارزیابی دیدگاه ها در باب تعارض، توازی و استقلال علم و دین پرداخته است.