قارچ های اندوفیت میکروارگانسم هایی هستند که بافت های گیاهان سالم را کلونیزه می کنند و از اجزای اصلی اکوسیستم های میکروبی گیاهان به شمار می آیند. در این بررسی به منظور جداسازی این قارچ ها، نمونه های گیاهی از بخش های هوایی درختان سالم و عاری از بیماری، در تابستان، پائیز و زمستان 1390، از باغات و رویشگاه های طبیعی درختان پسته ی استان های کرمان و یزد جمع آوری گردیدند. نمونه ها پس از انتقال به آزمایشگاه و ضدعفونی سطحی قوی، روی محیط کشت pda، کشت داده و قارچ های اندوفیت جدا و خالص سازی شدند. هر یک از جدایه ها به کمک خصوصیات مورفولوژیکی با استفاده از کلیدهای شناسایی مربوطه، مورد شناسایی قرار گرفتند. از آن جا که بسیاری از قارچ های اندوفیت توانایی تولید اسپور را ندارند، به منظور تحریک آن ها به اسپورزایی از محیط های کشت pca، wa، cma و mea استفاده شد و همچنین تغییر شرایط محیطی مانند تناوب نوری، دمایی و تغذیه ای اعمال گردید. برای شناسایی جدایه های بدون اسپور و بررسی صحت شناسایی های انجام شده بر اساس ویژگی های مورفولویکی، شناسایی مولکولی انجام و توالی نواحی its (its1 و its2) از dna ریبوزومی تعیین شد. از مجموع 160 جدایه ی بدست آمده، 16 گونه قارچ اندوفیت شناسایی شد که به ترتیب فراوانی عبارتند از: paecillomyces marquandii ، chaetomium globosum، rhizoctonia sp.، xylaria sp. pve31، thielavia sp. pve2، coniophora sp.، pithomyces chartarum، xylaria sp. pve12، thielavia sp. pve11، bipolaris australiensis، penicillium commune، ulocladium consortiale، thielavia sp. pve1، xylaria sp. pve13، aspergillus niger var. niger و aspergillus sp.. از بین گونه های جداسازی شده، گونه-های b. australiensis، coniophora sp.، xylaria sp. pve12، xylaria sp. pve13، xylaria sp. pve31، thielavia sp. pve1، thielavia sp. pve2 و thielavia sp. pve11 برای اولین بار به عنوان اندوفیت برای دنیا و تمامی گونه ها برای اولین بار بعنوان اندوفیت از این میزبان در دنیا گزارش می شوند. همچنین برای یافتن بهترین عوامل بیوکنترلی از بین اندوفیت های جدا شده علیه گونه غالب شبه قارچ عامل گموز پسته (phytophthora drechsleri) در استان کرمان، با روش های کشت متقابل و اثر بازدارندگی از رشد متابولیت های ثانویه برون و درون سلولی تمامی گونه های اندو فیت، غربالگری انجام پذیرفت که از این میان در آزمایش کشت دو طرفه قارچ های اندوفیت علیه شبه قارچ بیمارگر، گونه ی thielavia sp. pve1 با مکانیسم های رقابت و آنتی بیوز، بیشترین تاثیر را بر رشد بیمارگر داشت و در آزمایش بررسی اثر متابولیت های برون و درون سلولی قارچ های اندوفیت بر رشد بیمارگر، حداقل غلظت بازدارندگی به ترتیب مربوط به p. commune و a. niger var niger بود.