چکیده در این تحقیق به منظور مطالعه اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر میزان پروتئین شیر از 90223 رکورد روز آزمون، مربوط به11821 راس گاو شیری حاصل از 152 پدر و 10591 مادر که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور در سال های 1386 تا 1388 جمع آوری شده بودند استفاده شد. در این پژوهش گاوهای نر متفاوت به عنوان ژنوتیپ های مختلف در نظر گرفته شدند. همچنین از متوسط اندازه گله ها و متوسط تولید شیر در گله ها، متوسط پروتئین شیر و چربی شیر در گله ها برای تعریف محیط های مختلف استفاده شد. برای آنالیز داده ها و برآورد مولفه های واریانس از نرم افزار asreml استفاده گردید. اضافه کردن هر کدام از اثرات پدر× متوسط اندازه گله، پدر× متوسط شیر گله، پدر× متوسط پروتئین گله و پدر× متوسط چربی گله به اثرات ژنتیکی افزایشی موجب بهبود مقدار لگاریتم حداکثر درستنمایی مدل مربوطه شد. نتایج این تحقیق نشان می دهد استفاده از متوسط پروتئین گله ها بیشترین کارایی را در تعریف محیط های مختلف دارد. بر این اساس لحاظ کردن اثر متقابل پدر× متوسط پروتئین گله ها موجب کاهش واریانس ژنتیکی افزایشی در دوره شیردهی گردید، اما این کاهش در ماه های آخر شیردهی بیشتر بود. مقادیر وراثت پذیری میزان پروتئین شیر نیز با افزودن اثر متقابل پدر در متوسط پروتئین گله ها کاهش یافت. بیشترین میزان کاهش مربوط به دوره هشتم شیردهی بود به طوریکه مقدار وراثت پذیری از 42/0به 36/0کاهش پیدا کرد. در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر مقدار و روند همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی بین ماه های مختلف شیردهی اثر گذاشت و همچنین بر رتبه بندی اسپرم ها در شرایط متفاوت محیطی نیز موثر بود. کلمات کلیدی: گاو هلشتاین ایرانی، مدل تابعیت تصادفی، پروتئین شیر، ژنتیک، اثر متقابل ژنوتیپ و محیط