به منظور شناسایی چگونگی واکنش ژنوتیپ های مختلف برنج (oryza sativa l.) به تنش شوری، هفده ژنوتیپ در آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار، در گلخانه موسسه تحقیقات برنج کشور (رشت) در سال 1391مورد بررسی قرار گرفتند. کشت این ژنوتیپ ها به صورت هیدروپونیک و در محلول غذایی با هدایت الکتریکی ds/m 1.19 انجام و در موعد مقرر تیمار های شوری (4، 8 و 12 دسی زیمنس برمتر) برای آنها اعمال شد. ارزیابی فنوتیپی بر اساس دستورالعمل irri اجرا و برخی از صفات مرتبط با ریشه و شاخساره در در گیاهچه ها اندازه گیری و با هدف تعیین میزان تحمل ژنوتیپ ها در برابر شوری، شاخص های تحمل به تنش نیز برای آن ها محاسبه شد. پس از آن تنوع میان ژنوتیپ ها، با اسفاده از هشت نشانگر ریز ماهواره (ssr) وابسته به qtlهای کنترل کننده مقدار na+ و k+ مورد مطالعه قرار گرفت. توانایی نشانگر ها برای جداسازی ژنوتیپ های حساس و متحمل از یکدیگر به صورت منفرد، ترکیب دو و سه نشانگر بررسی شد. نتایج تجزیه واریانس، وجود تفاوت معنی دار بین ژنوتیپ ها را برای همه صفات نشان داد که بیانگر تنوع ژنتیکی میان آنها بود. دو ژنوتیپ شاه پسند و لاین 416 بهترین عملکرد را در هر سه سطح تنش داشتند. برای نشانگرهای استفاده شده نیز، پلی مورفیسم مشاهده شد. از میان آنهاrm261 بزرگترین میزان چند شکلی و شاخص های تنوع شانون و نی را به خود اختصاص داد. بررسی قدرت تفکیک ژنوتیپ ها توسط نشانگر ها نشان داد که هر کدام از نشانگر های rm5، rm190 و rm205 به تنهایی 53.33% ژنوتیپ های حساس و متحمل را تفکیک کردند. همچنین دو نشانگر rm5-rm205 53.33 و سه نشانگر rm5-rm205-rm255 و rm5-rm205-rm261 هر یک 40% ژنوتیپ های حساس را از دو ژنوتیپ متحمل جدا کردند. در نهایت 2 ژنوتیپ حساس و 2 ژنوتیپ متحمل در برابر شوری به همراه ir29 به عنوان یک رقم حساس بین المللی، انتخاب و بیان دو ژن osnhx1 و oscipk24 در آنها مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین میزان بیان ژن های مورد بررسی نیز بین ژنوتیپ-ها متفاوت از یکدیگر بود.