مرزه به عنوان یکی از گیاهان دارویی مهم ایران به خانواده نعنا تعلق دارد که حدود 284 گونه از آن در دنیا شناسایی شده است. ایران نیز به عنوان یکی از مهمترین مخازن ژرم پلاسم مرزه در دنیا حدود 15 گونه این گیاه را در خود جای داده است. با توجه به خواص دارویی متعدد و بسیار مفید مرزه، این گیاه مورد توجه بسیاری از مطالعات قرار گرفته است.در این بررسی ده جمعیت مختلف مرزه از دو گونه satureja bachtiarica وsatureja sahendica به ترتیب مربوط به مناطق مختلف استان های یزد و کردستان وآذربایجان شرقی از نظر تنوع ژنتیکی مورد مطالعه قرار گرفتند. پس از مراحل اولیه جهت استخراج dna با استفاده از 10 ترکیب پرایمری مختلف بر اساس نشانگر ملکولی issr تنوع ژنتیکی موجود در میان این جمعیت ها بررسی گردید که نتایج حاصل بر اساس نرم افزارهای genalex و popgen بیانگر وجود پلی مورفیسم (چندشکلی) کافی در میان این جمعیت ها بود. در کل تعداد 48 نوار تکثیر شد.که 39 نوار از آنها چند شکل بودند بیشترین تعداد نوار تکثیر شده در گونه مرزهsahendica با تعداد 18 نوار در سیستم نشانگری issr بود. بر اساس شاخص pic درصدتفکیک پلی مورفیسم پرایمرubc809 نسبت به سایر پرایمرها بیشتر بود که نشان دهنده بالاتر بودن قدرت تفکیک جمعیت این پرایمر نسبت به سایر پرایمرها می باشد.نتایج بررسی ها نشان می دهد که75? از تنوع کل، مربوط به تنوع درون جمعیت ها و 25? مربوط به تنوع بین جمعیت ها می باشد که درصد بالایی از تنوع کل، مربوط به تنوع درون جمعیت ها است. بیشترین فاصله ژنتیکی مربوط به جمعیت های 1 و6 می باشد که این دو جمعیت از دو گونه satureja. sahendicaو satureja. bachtiarica می باشند و این امر بیانگر وجود تنوع در بین این دو گونه می باشد. بنابراین می توان این جمعیت ها را در صورت منطبق بودن صفات مورد اصلاح به عنوان والد در برنامه های دورگ گیری برای اصلاح گونه های جنس مرزه و بدست آوردن حداکثر هتروزیس در جهت سازگاری با شرایط کشور استفاده نمود.به منظور تعیین روابط ژنتیکی بین جمعیت ها و نیز مشاهده فواصل بین جمعیت ها تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی به عنوان روشی مکمل برای تجزیه خوشه ای انجام گرفت. نتایج نشان داد که سه مولفه اصلی اول مجموعاً 80/83 درصد از تغییرات داده ها را توجیه کردند که نمایش دو بعدی جمعیت ها بر اساس دو مولفه اصلی اول گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای را تائید نمود. کلمات کلیدی: مرزه، تنوع ژنتیکی، issr ، satureja