ماهی آزاد دریای خزر (salmo trutta caspius) یکی از گونه های بومی دریای خزر می باشد که از نظر زیست محیطی بسیار مورد توجه بوده و حفاظت و بازسازی ذخایر مبتنی بر حفظ تنوع ژنتیکی آن اهمیت بالایی دارد. خصوصیات ویژه این گونه چون بازارپسندی و کیفیت بالای گوشت تمایل به تکثیر و پرورش این گونه در بخش آبزی پروری کشور ایران را افزایش داده و لاروهای بدست آمده از نسل f1 این ماهی در استان هایی چون مازندران، تهران، زنجان و گیلان در حال پرورش می باشند. در این تحقیق قرابت ژنتیکی مولدین پرورشی شده نسل پایه و نسل f1 بدست آمده از آنها، با ذخیره وحشی ماهی آزاد دریای خزر از منظر ژنوم عملکردی mhc مورد آزمون قرار گرفت. به این منظور واریانس ژنتیکی دومین اگزون ژن های mhc کلاس ii? (daa) و ii? (dab) با استفاده از روش sscp و توالی یابی، در جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن، نسل f1 تنکابن و جمعیت وحشی (به نام قراردادی کلاردشت)؛ هر جمعیت حداقل 30 نمونه، مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج تحقیق نشان می دهد ژنوم mhc در ماهی آزاد دریای خزر دارای چندشکلی بالایی بوده و جایگاه های daa و dab به ترتیب واجد 15 و 12 الل می باشند، که جمعیت وحشی کلاردشت دارای بیشترین و جمعیت پرورشی تنکابن و نسل f1 آن کمترین غنای اللی را دارند. به طور کلی در جمعیت های پرورشی و وحشی ماهی آزاد دریای خزر الل های daa*03، daa*10 و dab*11 این ژنوم بیشترین فراوانی را داشته و از جمعیت وحشی به نسل f1 حاصل از مولدین پرورشی، از غنای اللی کاسته شده و از 27 الل شناسایی شده، در جمعیت پرورشی لفور کاهش ذخیره ژنی، از 6 الل به 9 الل در نسل f1 رسیده و در جمعیت پرورشی تنکابن از 11 الل به 13 الل رسیده است. هتروزیگوتی مشاهده شده (ho) جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن، نسل f1 تنکابن و وحشی کلاردشت به ترتیب برابر 60/0، 66/0، 70/0، 63/0 و 73/0 بوده و هتروزیگوتی مورد انتظار اصلاح شده (uhe) این جمعیت ها به ترتیب برابر 79/0، 82/0، 81/0، 78/0 و 82/0 می باشد. شاخص فاصله ژنتیکی درونی (f) این جمعیت ها به ترتیب برابر 23/0، 17/0، 12/0، 17/0 و 10/0 می باشد. شاخص فاصله بین جمعیتی (fst) ذخیره وحشی کلاردشت نسبت به جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن و نسل f1 تنکابن به ترتیب برابر 007/0، 011/0، 009/0 و 016/0 و بین جمعیت های پرورشی لفور و تنکابن نسبت به نسل f1 آنها برابر 096/0 و 037/0 می باشد. توالی نوکلئوتیدی الل های جایگاه daa و dab به ترتیب دارای تنوع نوکلئوتیدی 062/0 و 012/0 ، فاصله غیرهمسان بین اللی (dn) 075/0 و 013/0 و dn/ds برابر 9/1 و 3/1 می باشند. با توجه به افزایش فاصله ژنتیکی جمعیت های پرورشی از ذخیره وحشی ماهی آزاد دریای خزر، از بچه ماهیان تکثیر شده در مزارع پرورشی برای بازسازی ذخایر این گونه نباید استفاده شود و برای جلوگیری از افزایش درون آمیزی و کم شدن غنای ژن های عملکردی مهم مانند ژنوم mhc در جمعیت های پرورشی، می-توان از شناسنامه ژنتیکی در این جمعیت ها استفاده و تکثیر این مولدین طی لقاح مخلوط اسپرم و تخمک بهینه شود.