به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های ماده پسته دو آزمایش مجزا به شرح ذیل به اجرا درآمد: در آزمایش اول،تنوع مورفولوژیکی 33 ژنوتیپ ماده پسته با استفاده از 14 صفت مورفولوژیکی (کمی) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه همبستگی ساده صفات نشان از وجود همبستگی های مثبت و منفی بین تعدادی از صفات داشت، به طوری که رشد طولی با رشد قطری، تعداد ریزش جوانه با تعداد کل جوانه، تعداد پسته در خوشه با تعداد زودخندانی، تعداد شاخه فرعی در خوشه با طول خوشه، تعداد خوشه با طول خوشه رابطه مثبت و درصد ریزش جوانه با رشد قطری،رابطه منفی معنی دار داشت. تجزیه کلاستر بر اساس صفات مورفولوژیکی بررسی شده ژنوتیپ ها را در فاصله تشابه 15 به چهار گروه اصلی تقسیم کرد.ماتریس فاصله اقلیدسی کمترین فاصله را بین ژنوتیپ های سیریزی و بادامی راور و بیشترین آن را بین ژنوتیپ های پوست پیازی و سفید پسته نوق مشخص کرد. تجزیه عاملی برای تعیین فاکتورهای اصلی تفکیک گذار مورد استفاده قرار گرفت. در این تحقیق 5 عامل اصلی و مستقل، توانستند 33/79 درصد از کل واریانس را توجیه کنند و مشخص شد صفات مربوط به خوشه بالاترین تاثیر را در گروه بندی ژنوتیپ های ماده پسته دارند.در آزمایش دوم، تنوع ژنتیکی32 ژنوتیپ از بین ژنوتیپ های مذکوربا استفاده از نشانگر issr مورد بررسی قرار گرفت. 23 آغازگر مورد استفاده مجموعاً 115 قطعهdna را تکثیر کردند که از بین آن ها تعداد 107 قطعه (93درصد) چند شکل بودند. تجزیه کلاستر بر اساس ماتریس تشابه جاکارد و به روشupgma بدست آمد. نتایج حاصل از ماتریس تشابه بیشترین شباهت را بین ژنوتیپ های شاهپسند و بادامی زرند(81%) و کمترین شباهت را بین ژنوتیپ های هراتی و رضایی زودرس(1%)،نشان داد. دندروگرام حاصله ژنوتیپ ها را در نه گروه اصلی قرار داد. نتایج این آزمایش نشان داد که نشانگر issr برای شناسایی ژنوتیپ های ماده پسته و مطالعات بررسی تنوع ژنتیکی و تهیه ی شناسنامه مولکولی کامل برای توده های پسته ایرانی مناسب است.