هم ترازی چندگانه توالی های پروتئینی تکنیکی جهت نمایش رابطه میان اسیدهای آمینه چندین توالی پروتئینی می باشد. بدین معنا که چندین توالی پروتئینی با یکدیگر به گونه ای هم تراز شوند که بیش ترین مشابهت را با هم پیدا کنند. این مسئله یکی از اساسی ترین مسائل در حوزه بیوانفورماتیک می باشد. اهمیت آن به دلیل کاربردش در تخمین درخت تکاملی، پیش بینی عملکرد و ساختار دوم و سوم پروتئین ها و نیز یافتن موتیف میان توالی های پروتئینی می باشد. یافتن هم ترازی چندگانه بهینه، مسئله ای است رام نشدنی و سه دهه می باشد که محققین در تلاش برای بهبود زمان و دقت حل این مسئله هستند. در این پایان نامه، روشی پیش رونده مبتنی بر ساختار دوم پروتئین ها جهت هم ترازی چندگانه آن ها ارائه شده است. در روش پیش رونده، ترتیب هم ترازی توالی ها در دقت نتیجه به دست آمده تأثیرگذار می باشد. از این رو در روش پیشنهادی از شباهت ساختار دوم توالی های پروتئینی جهت تعیین ترتیب هم ترازی توالی ها استفاده شده است. در ابتدا توالی ها بر اساس شباهت ساختار دوم آن ها به گروه هایی تقسیم شده، سپس توالی های موجود در هر گروه با یکدیگر هم تراز می شوند. این هم ترازی به صورت موازی با استفاده از تکنیک برنامه نویسی چند نخی در گروه های تفکیک شده، صورت می پذیرد. در انتها نتایج هم ترازی تمامی گروه ها با یکدیگر هم تراز می گردند. نتایج به دست آمده از آزمایشات انجام شده، نشان می دهد که استفاده از این روش سبب بهبود کیفیت و سرعت هم ترازی می شود.