چکیده: انتقال پروتون، بین شاخه های جانبی اسید آمینه در محاسبات تیتراسیون پروتئین و محاسباتpka پروتئین، نقش دارند لذا دانستن مکانیسم انتقال پروتون بین شاخه های جانبی اسید های امینه از اهمیت خاصی برخوردار است. در این تحقیق با استفاده از روشهای محاسباتی (روش b3lyp وتابع پایه 6-311++g** ) مکانیسم انتقال پروتون و تشخیص حالت وا سط بین اسیدآمینه های هیستیدین، وآسپارتیک اسید، مورد بررسی قرار گرفت،و ویژگیهای ساختاری که شامل طول و زوایای پیوندی مولکولهای مذکور می باشد، بدست آمد. و همچنین با استفاده از محاسبات ترمودینامیکی، ثابتهای سرعت و ثابت تعادل در فاز گاز و محلول وهمچنین pka بدست آمد. کلمات کلیدی: هیستدین،آلانین، آسپارتیک اسید، انتقال پروتون، dft ،b3lyp