استفاده از گیاهان تراریخته در سال های اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. ا جمله این گیاهان می توان به پنته-های تراریخته مقاوم به کرم قوزه پنبه و قارچ ورتیسلیوم اشاره کرد. طبق قانون ایمنی زیستی، صدور مجوز به منظور رهاسازی گیاهان تراریخته و استفاده از آن ها به عنوان غذا در قبال ارزیابی مخاطرات احتمالی از جمله این همانی، امکان-پذیر می باشد. استفاده از پروتئومیکس، راهی برای نشان دادن اثرات نا خواسته از الحاق تصادفی t-dna در گیاهان تراریخته می شود. بدین منظور، پنبه های تراریخته حاوی ژن های bt و کیتیناز و هم چنین پنبه شاهد با نام رقم کوکر و رقمی که بیشتر در منطقه کشت می شود با نام ساحل را برای آنالیز انتخاب کردیم. 3 تکرار از هر کدام از ارقام انتخاب شدند و کل پروتئین از برگ استخراج شده و روی ژل اکریلامید آنالیز شد. پس از اتمام مراحل رنگ آمیزی و سپس آنالیز لکه ها با نرم افزار melanie 6 ، 812 لکه پروتئینی تکرار پذیر روی ژل ها علامت گذاری شد. 51 لکه بین bt و کوکر و 35 لکه بین ساحل و کوکر و 42 لکه بین کیتیناز و کوکر متفاوت بود،6 لکه هم بین هر سه رقم دارای تفاوت معنی دار بودند. از این بین، تعدادی لکه را به عنوان کاندید برای انجام طیف سنجی جرمی انتخاب کردیم.