در این تحقیق، در مسائل گوناگونی تاثیر اخوان الصفا بر ملاصدرا را مشاهده کردیم مسائل نفس مانند جوهریت، حدوث و قدم، جاودانگی و تجرد، سعادت و شقاوت نفس، در این مسائل و مخصوصا در مساله حدوث و قدم سرچشمه اصلی نظریه حدوث جسمانی نفس ملاصدرا را در رسائل اخوان الصفا می توان یافت و همچنین در مساله جاودانگی و تجرد ملاصدرا دو دلیل را عینا از رسائل بیان می دارد. اخوان الصفا با صبغه نوافلاطونی خود تاثیر زیادی بر فلاسفه بعد خود داشته اند، این گروه که بیشتر به تفکر و شهود در مسائل فلسفی تاکید می کنند باعث شدند که این روش در بین فیلسوفان اسلامی جاودانه شود.