تحقیق اول اختصاص به بررسی ساختارهندسی مولکولی، ترتیب پایداری و مقایسه ی قدرت پیوندهیدروژنی درون مولکولی بین تعداد بیست صورتبندی مختلف ترکیب 3-مرکاپتو-بوت-2-ان تیال دارد. ساختارمولکولی و انرژی پیوندهیدروژنی درون مولکولی صورتبندیهای ترکیب مذکور در سه سطح محاسباتی b3lyp، mp2 و g2mp2 و با استفاده از مجموعه پایه6-311++g** بررسی گردیده است. پایداری نسبی بیشتر برخی صورتبندیهای این ترکیب می تواند به دلیل تشکیل پیوندهیدروژنی درون مولکولی s–h…s باشد، که به کمک عدم استقرار الکترونهای غیرمستقر? یاری شده اند. انرژی پیوندهیدروژنی درون مولکولی تمامی صورتبندیهای این ترکیب به وسیله ی روش روتومرهای نسبی محاسبه گردید. همچنین برای درک بهتر طبیعت پیوندهیدروژنی درون مولکولی ترکیب مورد نظر محاسبات اربیتال های پیوندی طبیعی نیز انجام گردید. نتایج محاسبات حاصل از روشهای مذکور در توافق با محاسبات انجام شده به روش روتومرهای نسبی می باشد. در ادامه، در تحقیق دوم به مطالعه ی اثراستخلاف بر قدرت پیوندهیدروژنی درون مولکولی ترکیب 3-مرکاپتو-پروپن تیال پرداخته شده است. محاسبات ساختارمولکولی، انرژی پیوندهیدروژنی درون مولکولی و عدم استقرار الکترونهای? تمامی استخلاف های این ترکیب در مواضع استخلافیr1، r2 و r3 و در سه سطح محاسباتی b3lyp، mp2 وg2mp2 با استفاده از مجموعه پایه 6-311++g** انجام گردید. گروههای استخلافی h، cl،nh2 ، oh، ch3و fدر مواضع استخلافی مذکور جایگزین شده اند. بعلاوه محاسبات فرکانسهای ارتعاشی برای تمامی استخلافهای ترکیب مذکور در همان سطح محاسباتی انجام شده است. از طرفی شاخص های آروماتسیته q وhoma که به عنوان مشخصه ای برای ارزیابی عدم استقرارالکترونهای محلی غیرمستقر? می باشند، با استفاده از ساختار هندسی مولکول بهینه شده، محاسبه گردید. ضمن آنکه ماهیت پیوندهیدروژنی درون مولکولی s–h…sبرای تمامی استخلافهای ترکیب مذکور به کمک نظریه ی اتم در مولکول بادر مورد بررسی قرارگرفت. نتایج حاصل نشان داد که قدرت پیوندهیدروژنی درون مولکولی، وابسته به شدت تغییرات چگالی الکترونهای غیرمستقر در نیم حلقه ی ترکیبات مذکور می باشد، که در اثر حضور گروههای استخلافی ایجاد می شود. درادامه ی بحث، در تحقیق دیگری، پدیده ی انتقال پروتون در تعدادی ازاستخلافهای ترکیب 3-مرکاپتو-پروپن تیال و اثرات استخلاف بر این پدیده، در حالاتی که استخلاف در مواضع r1(3) یاr2 باشد، مورد بررسی قرارگرفته است. تمامی محاسبات به کمک محاسبات در سطحb3lyp و با استفاده از مجموعه پایه6-311++g** انجام گردیده است. در این مطالعه ازاستخلافهایf ،cl ، oh، sh، och3، sch3،cho،cch ، no2و ocf3استفاده شد. همچنین شاخص های آروماتیسیته q و homa جهت بررسی خصلت آروماتیسیته ی ترکیبات محاسبه گردید. بعلاوه، محاسبات به روش اربیتالهای پیوندی طبیعی نیز، برای تمامی ساختارها ی بهینه شده، انجام گردید. از طرفی دیگر وجود ضرایب همبستگی خطی بین مقادیر سد انرژی واکنش انتقال پروتون و نتایج حاصل از محاسبات روشهای کوانتومی اتم در مولکول بادر و اربیتالهای پیوندی طبیعی، نشان می دهد که این نتایج با داده های روشهای آغازین در توافق می باشند. همچنین همبستگی بین سد انرژی واکنش انتقال پروتون ترکیبات مذکور و فرکانسهای کششی وخمشی پیوندکووالانسی s–h بررسی گردید. نتایج به دست آمده نشان داد که نوع استخلاف و مواضع آنها بر تغییرات سد انرژی واکنش انتقال پروتون ترکیبات مذکور بسیار موثر می باشد. در ادامه ی بحث، همبستگی بین مشخصه های مختلف مکان شناسی چگالی الکترون، ساختارهندسی و مشخصه های ترمودینامیکی مورد مطالعه قرارمی گیرد. در تحقیق آخر به بحث و بررسی در خصوص اثرات استخلاف بر واکنش انتقال پروتون ما بین ترکیب 1،6-دی هیدرو-]1،3،5[تری آزین-2،4-دی آمین و تعدادی از کربوکسیلیک اسیدهای (rcooh) استخلافی در موقعیت rپرداخته می شود. تمامی محاسبات در سطح محاسباتیb3lyp و با استفاده از مجموعه پایه6-311++g** انجام گردیده است. استخلافهای h، cch،nh2 ، oh، sh، nhch3 و sch3در موقعیتr جایگزین شده اند. همچنین شاخص homa جهت مقایسه ی آروماتیسیته حالات گذار محاسبه شده است. ضریب همبستگی خطی بین مقادیر ?e واکنش انتقال پروتون ترکیبات مذکور و فرکانسهای کششی ?(n-h)، ?(o-h)، خمشی ?(o-h) و ?(n-h)بررسی شد. نتایج به دست آمده نشان می دهد که نوع استخلاف بر تغییر ?eواکنش انتقال پروتون ترکیبات مذکور موثر می باشد.