گوجه فرنگی با تولید سالیانه حدود شش میلیون تن در ایران، از عمده ترین صیفی جات مصرفی است. بیماری بلایت زود رس گوجه فرنگی با عاملalternaria spp. از مهمترین بیماری های این گیاه بوده که سبب زیان اقتصادی می شود. اغلب برای مبارزه با بیماری از روش های شیمیایی استفاده می شود که از یک طرف گران بودن سموم و بروز مقاومت و از طرف دیگر مخاطرات زیستی و زیست محیطی باعث ناکارآمد بودن ترکیبات شیمیایی شده است. در مدیریت تلفیقی بیماری های گیاهی یکی از روش ها کنترل بیولوژیک عامل بیماری توسط باکتری ها می باشد. در این بررسی ابتدا باکتری های برگ و ساقه گوجه فرنگی جداسازی و شناسایی شد و سپس توانایی آنها در بازداری از رشد قارچ alternaria.spp ارزیابی شد. به این منظور در بهار 1390 از مزارع گوجه فرنگی همدان، اسد آباد و کنگاور به صورت تصادفی نمونه برداری صورت گرفت. از برگ و ساقه بوته ها، 62 استرین باکتری روی محیط کشت na جدا و خالص شد. 30 استرین به عنوان نماینده انتخاب شد وعدم بیماری زایی باکتری های جدا شده روی گوجه فرنگی به اثبات رسید. نتایج تست های مورفولوژیکی و بیوشیمیایی روی 22 استرین نشان داد که استرین های جدا شده به جنس های stereptomyce xantomonas ,ralstonia ,bacillus و pseudomonas وابسته بودند. به منظور مقایسه الگوی پروتئین محلول سلولی استرین ها، پروتئین آنها استخراج و در ژل اکریل آمید 12% الکتروفورز شد. در الگوی پروتئینی تنوع مشاهده شد. بررسی ویژگی های بازداری از رشد قارچ alternaria spp.توسط استرین های جدا شده در آزمایشگاه به روش کشت متقابل و در گلخانه در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار مورد بررسی قرار گرفت. مقایسه میانگین داده های بدست آمده نشان داد که بین داده ها تفاوت معنی دار وجود دارد. استرین sr7 با 9/89 درصد بازدارندگی بیشترین اثر را داشت. نتایج بررسی گلخانه ای اثر استرین ها بر رشد بوته های گوجه فرنگی را نشان داد که در مجموع، استرین sr7 بیشترین تاثیر را در کنترل بیماری دارد. جهت شنا سایی دقیق استرین های باکتریایی ، از تکنیک pcr با آغازگرهای اختصاصی sr3f ,sr2r ,sr2f ,sr1r ,sr1f و sr3rاستفاده شد. ژن 16s rrnaاز استرین sr7, sr11 و sr20توالی یابی شد. نتایج با استفاده از نرم افزار کروماس نسخه 231 مشاهده شد و توالی بدست آمده توسط نرم افزار بلاست در بانک اطلاعاتی ncbi رسم گردید. نتایج توالی ژن های مورد نظر با توالی این ژن ها به ترتیب در باکتری های uncultured brevundimonas sp. clone lpb15 ، bacillus subtilis strain p38و bacillus licheniformis strain jk-sh001 موجود در سایت ncbi به میزان 99و 95 و 93 درصد مشابهت داشت.