کلاس ساختاری(ساختار سوم) پروتئین اطلاعات مفیدی برای مشخص کردن ساختار کلی پروتئین فراهم می کند ، همچنین نقش اساسی در طراحی داروها، داروشناسی و کاربردهای دیگر دارد. عملکرد پروتئین به ساختار 3 بعدی آن مرتبط است و می تواند به طور موثر بر اساس آنالیز ساختار و توالی پروتئین تعیین گردد، همچنین توالی های پروتئینی کشف شده زیادی در دسترس است ولی نسبت به آن تعداد ساختار های کشف شده پروتئین ها کم می باشد. بنابراین پیش بینی ساختار سوم پروتئین برای زیست شناسان از اهمیت زیادی برخوردار است. همچنین روش های کامپیوتری ارائه شده برای زیست شناسان به صورت مبهم می باشد و با روش دسته بندی آن ها نمی توانند ارتباط برقرار کنند. بر این اساس در این پایان نامه مجموعه ویژگی هایی برای دسته بندی استفاده شده که توصیف پذیر باشند و همچنین بر دقت پیش بینی نیز تأثیر بگذارند. علاوه بر این روش های دسته بندی فازی را برای پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها ارائه داده ایم. که بر اساس نتایج به دست آمده نشان داده شده است که قابلیت توصیف پذیری را به دست بندی اضافه می کنند، چون قوانینی را بر اساس ویژگی های پروتئین ها در دسترس زیست شناس قرار می دهند. بنابراین احتمالاً مورد قبول زیست شناسان قرار خواهد گرفت و بهتر می توانند با الگوریتم دسته بندی ارتباط بر قرار کنند. مقایسه روش های پیشنهادی نسبت به روش های ارائه شده مشابه، نشان داد که دقت پیش بینی بسیار مناسبی را این روش ها به دست آورده اند. علاوه بر این از مجموعه داده هایی استفاده کرده ایم که بسیار پر کاربرد باشند و شباهت توالی پایینی داشته باشند.