زیتون (olea europaea l.) یک محصول روغنی مهم است، اما اطلاعات ژنومی و ترانس کریپتومی موجود برای این گیاه محدود است. این اطلاعات جهت آشکار ساختن مکانیزم های مولکولی بیوسنتز اسید های چرب و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری می باشد. در مجموع مقادیر کمی از نشانگرهای مولکولی بر پایه ی توالی-های بیانی در زیتون، کارآمدی و صحت اصلاح ژنتیکی را محدود ساخته است. توالی یابی ترانس کریپتومی با کارآمدی بالا برای تولید یک پایگاه بزرگ از توالی های ترانس کریپتومی، جهت کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری است. در این تحقیق،ترانس کریپتوم های زیتون از میوه ی آن، با استفاده از تکنولوژی توالی یابی دوطرفه illumina، توالی یابی گشت. قرائت های خام فیلتر شده، به صورت تعداد کلی 32902 ،unigene، با میانگین طول 789 جفت باز مونتاژ گردیدند. از این unigene ها، 20821(63.28%) شباهت معنی داری با پروتئین های موجود در پایگاه اطلاعاتی پروتئینی غیر تکراری ncbi داشتند(e-value < 10-5). علاوه بر این، 587 unigene با 519 ژن آرابیدوپسیس برپایه آنالیز blastx در منابع اطلاعاتی آرابیدوپسیس همولوژی نشان دادند(tair, version 10). در کل، 4459 unigene به نشانگر ssr تبدیل شدند(est-ssr). ssr های دو نوکلئوتیدی بیشترین تکرار بودند(57.52%، 2565) و به دنبال آن، ssr های سه نوکلئوتیدی ها(40.30%، 1797)، چهار نوکلئوتیدی ها(1.27%، 57)، شش نوکلئوتیدی ها(0.58%، 26) و پنج نوکلئوتیدی ها(0.31%،14) قرار دارند. غالبترین واحد تکراری ag/ct(45.11%) و به دنبال آن aag/ctt(12.92%)، at/at(8.98%)، agg/cct(8.29%)، و ac/gt(4.58%) قرار دارند. 39 est-ssr انتخاب گشته و جهت تکثیر و تعیین درجه چند شکلی در خزانه های dna ژنومی برای آنها پرایمر طراحی گشت. این مطالعه ثابت کرد که توالی یابی دوطرفه illumina، یک رویکرد سریع و کارآمد و کم هزینه برای کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی در موجودات غیر مدل است. نتایج این پژوهش منبع جامعی از توالی های ترانس کریپتومی را برای تحقیقات ژنومی زیتون فراهم آورد.