هدف مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی و تعیین مهمترین دلیل کاهش آن در دو نژاد گوسفند لری- بختیاری و مغانی ایران، به ترتیب با استفاده از اطلاعات شجره ی 6765 و 10510 حیوان بود. برای هر دو نژاد، جمعیت مرجع که شامل حیوانات متولد شده در طی سال های 1387 تا 1389 بود، تشکیل شد. کیفیت اطلاعات شجره برای هر نژاد با استفاده از متوسط تعداد نسل های معادل کامل (gi)، حداکثر تعداد نسل های معادل کامل و متوسط شاخص کامل بودن شجره (pci) سنجیده شد، که مقدار این معیارها برای جمعیت مرجع در گوسفند لری- بختیاری به ترتیب 54/4، 78/7 و 39/55 درصد و در جمعیت مغانی به ترتیب 35/4، 64/7 و 21/52 درصد برآورد شد. اندازه جمعیت موثر تحقق یافته (ner) برای جمعیت مرجع گوسفند لری- بختیاری و مغانی به ترتیب 161 و 163 و میانگین فاصله نسلی آن ها، به ترتیب 57/3 و 39/3 سال بود. میزان نرخ هم خونی (?f) برآورد شده برای حیوانات متولد شده از سال 1368 تا 1389 در نژاد لری- بختیاری 31/0 درصد و در نژاد مغانی 30/0 درصد در هر نسل بود. پارامترهای احتمال منشا ژن از قبیل اندازه موثر حیوانات بنیان گذار (fe)، اندازه موثر اجداد (fa) و معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار (fg) در جمعیت مرجع نژاد لری- بختیاری به ترتیب 88، 50 و 27 و در نژاد مغانی به ترتیب 112، 78 و 37 برآورد شد. میزان تنوع ژنتیکی (gd) موجود در جمعیت نژادهای لری- بختیاری و مغانی به ترتیب 1/98 و 6/98 درصد بود. از بین عوامل کاهش دهنده تنوع در بین جمعیت ها، سهم رانش ژنی در هر دو نژاد (به ترتیب 3/1 و 9/0 درصد) بیشتر از مشارکت نامساوی حیوانات بنیان گذار (به ترتیب 6/0 و 5/0 درصد) بود. با استفاده از نتایج بدست آمده می توان نتیجه گرفت که به دلیل جابجایی پیوسته حیوانات، بین گله های مردمی و جمعیت ایستگاه در هر دو نژاد، نرخ هم خونی بسیار پایین تر از سطح بحرانی (یک درصد در هر نسل) و میزان تنوع ژنتیکی این جمعیت ها در حد نسبتا مطلوبی قرار داشت