قارچ های ناقص، گروهی بحث برانگیز در میان قارچ ها هستندکه معیار های رده بندی آنها در طول سالیان، دستخوش تغییرات فراوان بوده است. در این تحقیق که به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی برخی قارچ های ناقص انجام شده است، نمونه هایی از بافت های گیاهی و خاک های چندین استان کشور جمع آوری و با معیارهای ذکر شده توسط الیس (1971) شناسایی گردید. از بین 81 جدایه به دست آمده، 48 جدایه فرم های غیر جنسی cochliobolus را تشکیل می دادند. 10 جدایه متعلق به گونه های مختلف alternaria، 10 جدایه به ulocladium، 4 جدایه به exserohilum و دو جدایه متعلق به embellisia بودند که همگی آنها آنامورف های اعضای خانواده pleosporaceaeمی باشند. از سایر خانواده ها، 6 جدایه متعلق به cladosporium، دو جدایه به fusarium و یک جدایه از هر یک از جنس های bionectria, tritirachium, trichoderma و paecilomyces بود. dnaنمایندگانی از این قارچ ها با آغازگرهای its، tef، rpb1 و rpb2 تکثیر و تعیین توالی شدند. سپس، با کمک نرم افزارهای کروماس ، بیوادیت و مگا ، مورد ارزیابی قرار گرفتند. دندروگرام با دو روش اتصال همسایه و ماکزیمم پارسیمونی رسم شد. دندروگرام رسم شده بر پایه تمام آغازگرها، نتایج تقریباً یکسانی را ارائه دادند. نتایج به دست آمده با تحقیقات انجام شده قبلی و نیز مورفولوژی این قارچ ها موافق بود. ژن های کدکننده پروتئین (tef, rpb1, rpb2)، به خصوص rpb2 نتایج خوبی را هم در سطح جنس و گونه و هم در سطوح بالاتر نشان دادند. اما، به نظر می رسد itsبرای بررسی روابط فیلوژنتیکی بالاتر از سطح خانواده مناسب نمی باشد.