با توجه به اهمیت اکولوژیکی خور موسی از نظر در برداشتن فون وسیعی از موجودات و وجود صنایع مختلف در جوار آن و همچنین ورود آلاینده ها به این منطقه پایش این اکوسیستم ضروری بنظر می رسد. این مطالعه بمنظور بررسی شاخص های سلامت زیست محیطی در نواحی صنعتی خوریات ماهشهر طی 4 فصل از زمستان 1386 تا پائیز 1387 در 4 ایستگاه اسکله بنادر و کشتیرانی، اسکله نفتی، اسکله پتروشیمی و کانال اصلی خورموسی صورت گرفت. نمونه برداری از رسوب توسط گرب van-veen با سطح مقطع0225/0 و نمونه برداری از آب توسط بطری نمونه بردار روتنر از عمق میانه آب به منظور آنالیز فاکتورهای bod5، نیتریت و سایر نوترینتها صورت گرفت، فاکتورهایی مثل دما،ph ، شوری ، کدورت و اکسیژن محلول توسط دستگاه ctd اندازه گیری شد. دراین مطالعه از شاخص (azti marine biotic index) ambi به منظور تعیین سطح کیفی رسوبات و از شاخص wqs بمنظور تعیین کیفیت آب استفاده شد. مقدار شاخص ambi بین صفر تا هفت متغیر است. مقادیر پائین شاخص نشان دهنده وضعیت عالی و خوب و مقادیر بالاتر این شاخص نشان دهنده وضعیت بد و ضعیف اکولوژیکی اکوسیستم است. موجودات بنتیک مناسب ترین وسیله برای ارزیابی سطح کیفی رسوبات محیط های دریایی هستند. آنها براساس حساسیتشان به مواد آلی در 5 گروه طبقه بندی می شوند. گروه یک موجودات حساس به آلودگی، گروه دوم موجودات بی تفاوت به آلودگی، گروه سوم گونه های مقاوم به آلودگی، گروه چهارم گونه های فرصت طلب رده اول و گروه پنجم گونه های فرصت طلب رده دوم. جنس بستر تمامی ایستگاههای مورد مطالعه سیلتی-گلی بوده است. نتایج آنالیز رسوبات کاهش اندک در مقدار مواد آلی و درصد سیلت- رس رسوبات را از نواحی داخلی خور به سمت کانال خور موسی نشان داد. آنالیز واریانس یکطفه پارامترهای بیولوژیک موجودات بنتیک مانند شاخص شانون، فراوانی، غنای گونه ای و شاخص ambiاختلاف معنی داری را در فصول مختلف نشان داد. در بین ایستگاههای مورد مطالعه اختلاف معنی داری از نظر فاکتورهای فوق مشاهده نشده است. بر اساس میانگین سالانه مقادیر شاخص ambi در ایستگاههای مختلف، کانال خور موسی و بنادر و کشتیرانی اندکی آلوده و اسکله پتروشیمی و اسکله نفتی آلودگی متوسط را نشان می دهند. بیشترین میانگین ambi در اسکله پتروشیمی (47/0±88/2)مشاهده شد. بر اساس این شاخص وضعیت اکولوژیک ایستگاههای مورد مطالعه از نامتعادل تا آلوده (اسکله پتروشیمی) طبقه بندی می شوند. بر اساس پارامتر های بیولوژیک(تنوع و غنای گونه ای) تمامی ایستگاهها در وضعیت بد و ضعیف اکولوژیک برای سلامت و حیات جوامع بنتیک قرار دارند. مقادیر شاخص های تنوع و ambi از نواحی درونی خوریات به سمت کانال خور موسی بترتیب افزایش و کاهش اندکی را نشان می دهد. شرایط بدتر سلامت زیستی در نواحی درونی خور موسی نسبت به کانال خور موسی احتمالاً به این علت است که تأثیر روانابهای انسان ساز در توده های آبی کوچکتر به علت نزدیکی به منابع آلاینده و ظرفیت رقیق سازی کمتر آنها بیشتر است. شاخص wqs با استفاده از شش متغیر کیفیت آب (اکسیژن محلول، نیتروژن کل آب، فسفر کل آب، bod،ph وکدورت) محاسبه می شود. مقدار این شاخص بین 1 تا 5 متغیر است. طبق نتایج بدست آمده از این شاخص تمامی ایستگاههای مورد مطالعه رتبه 33/2 را دارا هستند و کیفیت آب آنها وضعیت بدی را نشان می دهد. بر اساس نتایج تست آنالیز واریانس یکطرفه فاکتورهای آب تمامی فاکتورها بجز شوری و phدر فصول مختلف اختلاف معنی داری را نشان می دهند. هیچ کدان از فاکتورهای مورد بررسی آب در ایستگاههای مختلف اختلاف معنی داری نشان ندادند. تمامی شاخصهای مورد استفاده در این مطالعه یکدیگر را تائید می کنند و وضعیت را در خوریات ماهشهر بد تا ضعیف ارزیابی می کنند.