به منظور بررسی تنوع ژنتیکی تعدادی از نمونه های کدوی ایرانی از نظر خصوصیات مرفولوژیک، مولکولی و بیوشیمیایی، 50 نمونه کدو شامل 26 نمونه از گونه c. pepo، 12 نمونه از گونه c. maxima و 12 نمونه از گونه c. moschata از 13 استان جمع-آوری شدند. نمونه ها در قالب بلوک های کامل تصادفی و در سه تکرار کشت شدند. در بررسی خصوصیات مرفولوژیکی بر اساس دیسکریپتور upov، 19 صفت کمی و 17 صفت کیفی ارزیابی شدند. تجزیه خوشه ای نمونه ها به روش upgma و بر مبنای معیار تشابه گاور، نمونه های هر گونه را به مرفوتیپ های معین گروه بندی کرد. نتایج نشان داد که نمونه ها غالباً بر اساس صفات مربوط به میوه شامل شکل میوه، رنگ میوه، طول و قطر میوه و ... از یکدیگر تفکیک شدند. 14 جفت آغازگر ssr مورد استفاده، 100 درصد پلی مورف بودند و 115 آلل را تکثیر کردند. میانگین تعداد آلل های مشاهده شده 21/8 و بین 4 آلل درcmtm30 تا 10 آلل در cmtm61 متغیر بود. میانگین هموزیگوسیتی 85/0 و میانگین شاخص های تنوع شامل شاخص تنوع شانون و شاخص نی به ترتیب 869/1 و 722/0 بود. تجزیه خوشه ای به روش upgma و با استفاده از معیار تشابه جاکارد، توانست نمونه های مربوط به گونه های مختلف را تفکیک نموده اما قادر نبود مرفوتیپ های هر گونه را از یکدیگر تفکیک نماید. در بررسی تنوع بیوشیمیایی بین 26 نمونه از گونه pepo، میزان روغن، پروتئین، کربوهیدرات، بتاسیتوسترول، اسیدهای چرب، پتاسیم و روی در دانه های کدو اندازه گیری شد. میزان روغن از 1/26 تا 8/45 درصد، میزان پروتئین از 21 تا 5/28 درصد، میزان بتاسیتوسترول از 1/15 تا 5/26 میلی گرم در صد گرم روغن متغیر بود. تجزیه خوشه ای به روش حداقل واریانس وارد، 26 نمونه را به دو گروه تقسیم بندی کرد. گروه بندی بدست آمده از صفات بیوشیمیایی مستقل از گروه بندی آنها بر مبنای صفات مرفولوژیکی بود.