ذخایر توارثی گیاهی در امر به نژادی از اهمیت ویژه ای برخوردار اند و حفظ آن ها از دیدگاه ملی و بین المللی بسیار ضروری می باشد. تنوع ژنوتیپ های زیتون در ایران زیاد است و شناخت این تنوع ژنتیکی می تواند به عنوان راهکاری در توسعه پایدار ژنتیکی گونه های گیاهی تلقی شود. از نیازهای اساسی توسعه کشت زیتون در کشور، شناسایی، ارزیابی، و جمع آوری ژنوتیپ های بومی و همچنین معرفی ارقام سازگار با اقلیم های مناطق مختلف می باشد. هدف از این پژوهش، بررسی تنوع ژنتیکی 23 ژنوتیپ زیتون ایرانی، براساس صفات مورفولوژیک کمی و کیفی (طبق دستورالعمل انجمن بین المللی زیتون (ioc)( ، گروه بندی ژنوتیپ های زیتون ایرانی و بررسی الگوهای الکتروفورتیک پروتئین های ذخیره ای دانه جهت تعیین فواصل ژنتیکی آن ها بوده است. آنالیز الکتروفورزی دو بعدی جهت بررسی الگوی پروتیینی بر اساس نقطه ایزوالکتریک، دو ژنوتیپ با بیشترین و کمترین اسید اولئیک مورد بررسی قرار گرفتند. برش دندروگرام حاصل از آنالیز کلاستر براساس ارزیابی هشت صفت مورفولوژیک از فاصله 15 واحدی، ژنوتیپ ها را به سه کلاستر گروه بندی کرد. الکتروفورزsds – page پروتئین های استخراجی، حضور 15 نوار را بر مبنای حرکت نسبی روی ژل آشکار ساخت که سه گروه پلی پپتیدی که شامل شش باند تکرارپذیر با اندازه های: {p1 (21 kda), p2 (25 kda), p3 (28 kda), p4 (31 kda), p5 (35 kda), p6 (45 kda)} بوده است. نه نوار دیگر چندشکلی در میان ژنوتیپ ها نشان دادند. در آنالیز الکتروفورز دو بعدی با استفاده از نرم افزار melani، تعداد 261 لکه در ژنوتیپ t20 و 275 لکه در ژنوتیپ t23 شناسایی شدند. با بررسی ژل های بدست آمده تفاوت های معنی داری در لکه ها از نظر آماری مشاهده شده. بیشترین تفاوت بین t20و t23 در دو لکه مشخص شد. آنزیمfad2 در موقعیت لکه ی با وزن مولکولی 43 کیلو دالتون و 7/8 =pi و آنزیم لیپوکسیژناز (lox) در موقعیت لکه ی با وزن مولکولی 98 کیلو دالتون و 5/5=pi تعیین گردیدند. وجود مقدار کم اسید اولئیک در ژنوتیپ 20t به دلیل بیان بیشتر آنزیم fad2 و آنزیم لیپوکسیژناز (lox) بود. در مقایسه نتایج تجزیه کلاستر ژنوتیپی (آنالیز پروتئین) و فنوتیپی (اگرونومیک)، تفاوت معنی داری بین گروه بندی ژنوتیپ-ها دیده نشد. بدین ترتیب نشانگرهای فنوتیپی نمی توانند به تنهایی جهت شناسایی و خصوصیت شناسی ارقام بدون در نظر گرفتن پروفایل پروتئینی آن ها مورد استفاده قرار گیرند.