امنیت ملی و اطاعت از ولایت فقیه دو مقوله ای هستند که شاید در ابتدای امر، فارغ از یکدیگر به نظر رسد در صورتی که ارتباط فقه سیاسی و علوم سیاسی به قدری نزدیک است که می توان در این میان بین اطاعت از ولایت مطلقه فقیه و امنیت ملی، یک ارتباط منطقی ایجاد کرد؛ به طوری که نتیجه منطقی آن، برقراری امنیت در همه سطوح فروملی، فراملی و بین المللی در صورت اطاعت از ولایت فقیه می باشد. این تحقیق از نوع بنیادی است و روش آن توصیفی– تحلیلی است و روش گردآوری اطلاعات آن کتابخانه ای است. به عقیده فقهای متقدم و متأخر ولایتِ ولی فقیه، مطلقه است و نیز اطاعت از اوامر او از اوجب واجبات است؛ از سویی دیگر، با توجه به بیان ابعاد مختلف امنیت ملی، و با نظر به گفتمان ها و مکاتب امنیت ملی، رویکردی که در جمهوری اسلامی ایران وجود دارد، گفتمان ایجابی است. هرگاه ولایت مطلقه فقیه که در جایگاه حاکم اسلامی است، به انحاء مختلف، اقشار امت، به ویژه خواص و نخبگان را مخاطب قرار دهد و اوامری صادر نماید، اطاعت از ولی فقیه برای فرد فرد امت از خواص و نخبگان گرفته تا اقشار مختلف جامعه، واجب است. برخلاف تصور برخی که سطح رهنمودهای ولی فقیه را تا حد توصیه پایین می آورند، کلیه اوامر امام خامنه ای در حکم، احکام ولایی است. با توجه به ویژگی های ممتاز علمی و شخصیتی و اخلاقی ولایت فقیه، در صورت بی تفاوت بودن نسبت به صدور احکام ولایی از جانب ولی و یا صرفا توصیه انگاشتن آن اوامر و در نتیجه عدم به کار بستن آن ها، امنیت کشور تهدید می شود و این عدم توازن در مناسبات داخلی است که، زمینه بروز ناامنی ملی را فراهم می آورد. اگر مردم و به ویژه خواص و نخبگانِ مشغول در مناصب مختلف حکومتی، پی گیری فرامین ولی امر را سرلوحه تکالیف خویش قرار ندهند و نسبت به اوامر ایشان، الزامی نداشته باشند، منجربه ناامنی در ابعاد سیاسی، نظامی، فرهنگی، اجتماعی، و... می شود و زمینه دخالت دشمن در مناسبات داخلی و خارجی را فراهم می نمایند؛ پس اطاعت از ولی امر و امامت امت، مهم ترین عامل امنیت سازی است که بی توجهی به آن سبب امنیت سوزی می شود.